Ich kann nicht herausfinden, wie ich die von einem Wrapper ausgeführten Befehle protokollieren kann. Sowohl "snakemake -p" als auch "snakemake -D" zeigen mir nicht die tatsächlichen Befehle, die ausgeführt wurden.Snakemake: Wrapper Befehl Protokollierung
Was ist der beste Ansatz zum Protokollieren der Befehle, die durch einen Wrapper erstellt werden?
Cheers, Seb
Also, zur Zeit ist -p in der Tat auf Skripte oder Wrapper nicht weitergegeben. Jedoch habe ich gerade das im Code geändert, und die bevorstehende Version 4.0 wird Ihnen geben, was Sie mit snakemake -p wollen.
Beachten Sie, dass Wrapper oft mehr tun als nur einen Shell-Befehl auszuführen. Sie können den gesamten Quellcode eines Wrappers auf der jeweiligen Seite in der Wrapper-Beschreibung finden. Z. B. siehe hier für bwa mem: https://snakemake-wrappers.readthedocs.io/en/stable/wrappers/bwa/mem.html#code