Phyloseq und Heatmap

Question

Ich bin 16s microbiome Daten aus der Lunge und Mund zu analysieren und ich lehre mich im Grunde R. Also habe ich es durch qiime und haben zwei Dateien in R. Meine OTU Tabelle hochgeladen werden:

otu=import_biom('C:\Users\OneDrive\otu_table.biom') 

und meine Art von "Map" -Datei, die nur SampleID, Standort und gepaart enthält. Zum Beispiel:

SampleID Location Paired 
1_L  Lung  1 
1_M  Mouth  1 
2_L  Lung  2 
2_M  Mouth  2 

Code:

map=read.csv('C:\Users\OneDrive\Mouth vs lung R map_adj.csv', 
      header=T,row.name=1,stringsAsFactors=F) 

Meine Daten gepaart ist, und ich möchte die Lunge gegen den Mund vergleichen, um eine Heatmap verwenden. Ich habe Probleme mit R. Zuerst werde ich es nicht nach Ort tun lassen. Ich habe versucht:

plot_heatmap(otu, sample.label="SampleType") 

Und ich habe diesen Fehler:

Error in get_variable(physeq, sample.label) : 
Your phyloseq data object does not have a sample-data component 
Try ?sample_data for more details. 

ich ?sample_data ging, und ich habe keine Ahnung, was ich hier fehlt.

Zweitens möchte ich es nach Standort und gepaart tun, wenn das Sinn macht.

Kann mir jemand mit diesem Code helfen und vielleicht erklären, was ich hier vermisse, weil ich auch Daten habe, wo ich mir das Lungenmikrobiom zur Baseline anschaue und dann nochmal 2 Monate später, so dass auch gepaarte Daten vorliegen.

Vielen Dank für Ihre Hilfe!

Hier ist mein ganzer Code:

library("phyloseq") 
packageVersion("phyloseq") 

otu=import_biom('C:\Users\closed-ref-33031010\otu_table.biom') 

map=read.csv('C:\Users\Qiime Maps\Mouth vs lung R map_adj.csv', 
      header=T,row.name=1,stringsAsFactors=F) 

sampledata1=sample_data(map) 

otu2=merge_phyloseq(otu,sampledata1) 
plot_heatmap(otu2) 

Außerdem, ich bin nicht sicher, wie ein phyloseq Objekt

Answer 1

Die Antwort auf diese auf einer Hilfeseite ist sorgfältig mit dem Thema gewidmet beschrieben zu machen:

https://joey711.github.io/phyloseq/import-data.html

Es sei denn, Ihre Frage über etwas spezifisch fehlt/verwirrend auf dieser Hilfeseite, glaube ich diesen Link Beantwortet die Frage.

Als ein Kommentator erwähnt, wenn Sie genau das bekommen, ist jemand wahrscheinlicher, eine genaue und nützliche Antwort zu geben.