Pandas: schreiben Tab-getrennte Datenrahmen mit Literal-Tabs ohne Anführungszeichen

Question

Ich muss meine Daten für eine Genetik-Software neu formatieren, die jede Spalte in zwei geteilt werden muss, z. B. 0-> G G; 1-> A G; 2 -> A A;. Die Ausgabedatei soll tabulatorgetrennt sein. Ich versuche, es in Pandas zu tun:

import csv 
import pandas as pd 
import numpy as np 

df = pd.DataFrame(np.random.randint(0,3, size = (10,5)), 
        columns=[ chr(c) for c in range(97, 97+5) ]) 

def fake_alleles(x): 
    if x==0: 
     return "A\tA" 
    if x==1: 
     return "A\tG" 
    if x==2: 
     return "G\tG" 

plinkpast6 = df.applymap(fake_alleles) 
plinkpast6.to_csv("test.ped", sep="\t", quoting=csv.QUOTE_NONE) 

Was ist mir ein Fehler Error: need to escape, but no escapechar set. Gibt es andere Möglichkeiten, es mit pandas zu tun?

Answer 1

sep="\t" versucht, jedes Element der Datenframezeile zu nehmen und dazwischen einen "\t" einzufügen. Problem ist, dass es "\t" in den Elementen gibt und es verwirrt es. Es möchte, dass Sie die "\t" s in den Elementen entkommen und Sie nicht haben. Ich vermute, du willst, dass deine endgültige Ausgabe 6 Spalten hat.

Versuchen Sie folgendes:

import csv 
import pandas as pd 
import numpy as np 

df = pd.DataFrame(np.random.randint(0,3, size = (10,20))) 

def fake_alleles(x): 
    if x==0: 
     return "A\tA" 
    if x==1: 
     return "A\tG" 
    if x==2: 
     return "G\tG" 

plinkpast6 = df.iloc[:,:3].applymap(fake_alleles) 
plinkpast6 = plinkpast6.stack().str.split('\t', expand=True).unstack() 
plinkpast6.to_csv("test.ped", sep="\t", quoting=csv.QUOTE_NONE)