Simulationen in R Wahrscheinlichkeit unter Verwendung

Question

myfunction3 <- function(seq2,z) 


for(j in 1:100) 

{ 

if(z[j]>0.7) 

{ 
if(seq2[j] =='A') replace(seq2,j,sample(c("C","G","T"),1)) 

else if(seq2[j] =='G') replace(seq2,j,sample(c("C","A","T"),1)) 

else if(seq2[j] =='T') replace(seq2,j,sample(c("C","G","A"),1)) 

else if(seq2[j] =='C') replace(seq2,j,sample(c("A","G","T"),1)) 

else if(seq2[j]=='E') replace(seq2,j,'T') 

} 

} 

return(seq2) 

Ich habe diese Funktion geschrieben, um eine gegebene DNA-Sequenz seq2 zu simulieren nach dem Wahrscheinlichkeitsvektor z in dem, wenn die Wahrscheinlichkeit größer als 0,7 dann ist die neue Sequenz eine der anderen drei Nukleotide aufweisen (A, G, T, C) an seiner Stelle. Aber jedes Mal, wenn es einen NULL-Vektor zurückgibt.

Answer 1

Hier ist eine kompakte Variante Ihrer Funktion:

myfunction3 <- function(seq2,z) { 
    for(j in which(z>0.7)) 
    seq2[j] <- switch(seq2[j], 
         A=sample(c("C","G","T"),1), 
         G=sample(c("C","A","T"),1), 
         T=sample(c("C","G","A"),1), 
         C=sample(c("A","G","T"),1), 
         E="T" 
    ) 
    return(seq2) 
} 

Hier ist, wie es funktioniert:

set.seed(42) 
z <- sample(1:10)/10 
seq <- sample(c("A","G","T", "C"), 10, repl=TRUE) 
data.frame(seq, z, seq2=myfunction3(seq,z)) 
# seq z seq2 
# 1 G 1.0 T 
# 2 T 0.9 C 
# 3 C 0.3 C 
# 4 G 0.6 G 
# 5 G 0.4 G 
# 6 C 0.8 T 
# 7 C 0.5 C 
# 8 A 0.1 A 
# 9 G 0.2 G 
# 10 T 0.7 T 

die letzte Bedingung testen (E = "T"):

set.seed(42) 
z <- sample(3:17)/10 
seq <- sample(c("A","G","T", "C", "E"), length(z), repl=TRUE) 
data.frame(seq, z, seq2=myfunction3(seq,z)) 

Answer 2

Ich nehme an, dass seq2 ein Zeichenvektor ist und dass z ein Vektor der Stichprobe ist ten, und dass Sie die Positionen in seq2 wo z > 0.7

Eine Möglichkeit, es zu tun ist, erstellen Sie zuerst eine Liste der gültigen Substitutionen mutieren wollen, von den Nukleotiden verkeilt, dann eine Mutation Funktion schreiben, dann sapply, die dem subvector funktionieren von seq2 wo z > 0.7:

substitutions <- list(A = c("C","G","T"), 
        G = c("A","C","T"), 
        T = c("A","C","G"), 
        C = c("A","G","T"), 
        E = c("T")) 

mutate <- function(nucleotide){ 
    sample(substitutions[[nucleotide]],1) 
} 

myfunc <- function(seq2,z){ 
    to.change <- which(z > 0.7) 
    seq2[to.change] <- sapply(seq2[to.change],mutate) 
    seq2 
} 

Zum Beispiel:

> s <- sample(c("A","T","G","C","E"),10, replace = T) 
> z <- sample(c(0,0.8),10, replace = T) 
> rbind(s,z,myfunc(s,z)) 
    [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10] 
s "E" "A" "C" "G" "E" "C" "E" "T" "E" "A" 
z "0.8" "0" "0" "0.8" "0" "0.8" "0.8" "0.8" "0" "0.8" 
    "T" "A" "C" "C" "E" "A" "T" "G" "E" "T"