R importieren Sie mehrere Dateien und führen komplexe Funktion auf sie

Question

Ich habe eine Reihe von Dateien, die, wenn ich sie lese und sie einzeln manipulieren habe ich kein Problem haben.

Sie sind wie folgt organisiert:

z.B.

chrY<-read.table('chrY.txt', sep ='', header=F) 
head(chrY) 
     V1 
1 4.514563 
2 4.543689 
3 4.553398 
4 4.533981 
5 4.495146 
6 4.514563 

Ich brauche jeden der Werte in numerische konvertieren:

Und so versuche ich dies für eine Liste von Chromosom Dateien:

temp = list.files(pattern="chr*.txt") 
for (i in 1:length(temp)) assign(temp[i], read.table(temp[i], sep ='', header=F)) 
> temp 
[1] "chr17.txt" "chr18.txt" 
[3] "chr19.txt" "chr1.txt" 
[5] "chr6.txt" "chrY.txt"  

Umwandlung in Numerik:

for(i in temp){ 
    temp[i]<-as.numeric(temp[i]) 
} 

Ich wollte über den Durchschnitt aller Dateien plotten und über sie plotten,

eine importierte Datei Plotten ist in Ordnung:

plot(chrY.txt[,1]) 

mein Versuch, die Mittelwerte zwischen allen von ihnen Plotten wie folgt:

for(i in length(temp)-1){ #index -1 such that iteration is not out of range 
x<-(temp[i][,1]+temp[i+1][,1])/length(temp) 
} 
plot(x) 

jedoch für die Mittelungsprozess ich die folgende Fehlermeldung erhalten:

Error in temp[i][, 1] : incorrect number of dimensions

Gibt es einen schnelleren Weg als eine for-Schleife in R? Dies ist eine Praxis laufen und ich werde möglicherweise eine Menge von Dateien auf durchschnittlich über

Answer 1

Wir können die Dateien in einem list gelesen werden importieren und dann mit + und dividieren durch die length der list verwenden Reduce den mean Wert zu erhalten