Gibt es eine Möglichkeit, .rmd-Dateien mit der externen Tools-Funktion des StatET Eclipse-Plugins zu erstellen und zu produzieren?

Ich werde ein Fan von reproduzierbaren Analysen und von Sweave, Beamer und speziell von dem Knitrack.Gibt es eine Möglichkeit, .rmd-Dateien mit der externen Tools-Funktion des StatET Eclipse-Plugins zu erstellen und zu produzieren?

RStudio ermöglicht es, Dokumente mit nur einem Klick zu verschweißen und zu stricken, aber obwohl RStudio einfach zu installieren ist, ist es ziemlich instabil und hat nicht die Reife und Flexibilität des StatET-Plugins von Eclipse. Die meisten Tutorials oder Listservs beziehen sich bei Fragen zu knitr und RMarkdown auf die RStudio IDE, aber es gibt wenig darüber, wie Markdown-Dateien mit dem knitr-Paket installiert und in .Rmd umgewandelt werden können. Jeffrey Horner sagte, als er die R Abschlag Paket angekündigt, dass:

"Markdown documents to HTML, created in collaboration with RStudio. It offers the complete R Markdown feature set available in their best-of-breed IDE, however useRs can integrate markdown into their own toolchain of choice."

Der letzte Satz ist, was ich nicht in der Lage gewesen, um herauszufinden. An anderer Stelle habe ich aber durch die Verwendung library(knitr); knit('myfile.Rmd'), manuell knitr vorgeschlagen gesehen, wenn dies zu tun versucht, erhalte ich eine Fehlermeldung:

Warning in file(con, "r") : 
    cannot open file 'My file.Rmd': No such file or directory 
Error in file(con, "r") : cannot open the connection

konnte ich die My file.md Datei in HTML machen mit:

library(markdown) 
markdownToHTML(file = "C:/Dropbox/eclipse/8. CM/Myfile", output="C:/Dropbox/eclipse/8. CM/Myfile.html")

Allerdings wird der R-Code nicht ausgeführt, und ich vermute, dass ich zuerst die .Rmd Datei stricken muss. Jede Hilfe oder Anleitung dazu, wie Sie Abreißdateien in StatET oder anderswo als Rstudio knacken können, wäre sehr willkommen.

Ich verwende R Version 2.15.1 (2012-06-22) auf einem Windows 7 Professional OS. Eclipse-Version: 3.8.0 und StatET 3.0.

Quelle

2012-09-12 rogervv

für den ersten Fehler, den Sie gesehen haben, scheint es, dass Sie nicht das Konzept _working Verzeichnis_ waren (geben Sie 'getwd()' in R); Die Datei 'myfile.Rmd' muss sich in Ihrem aktuellen Arbeitsverzeichnis befinden. Für die ganze Frage hoffe ich, dass die Entwickler von STATET darauf achten können; es sollte wirklich nicht zu schwer sein (siehe https://github.com/yihui/knitr/issues/252) –

Hallo Yihui, danke für dein Paket. Ich wusste von getwd(), aber nicht von der Tatsache, dass ich den Dateityp manuell zu .Rmd ändern musste, bevor ich mit knitr einstieg. Das andere Problem war, dass meine WD keine Leerzeichen (d. H. "Arbeitsverzeichnis" – rogervv

(d. H. "\ Alte Projekte \ Arbeitsverzeichnis") im Pfad haben konnte. Ich hoffe, dies hilft anderen Benutzern.Schließlich hoffe ich auch, dass die StatET-Entwickler eine Konfiguration erstellen, um Markdown in HTML zu stricken. – rogervv

Eine Möglichkeit, es zu tun, ist eine R Snippet zu verwenden: mit dieser Datei https://raw.github.com/yihui/knitr-examples/master/001-minimal.Rmd darin

1) erstellen stateET R Projekt.

2) in Windows-> Einstellungen -> StatET -> Ausführen/Debug -> R Code Snippets

Klick "Hinzufügen ...". um ein neues Snipped namens Rmd2html zu erstellen. Inhalt des Snippets:

file <- "${selected_resource_loc}" 
if (!nzchar) stop('Select a file first') 
library(knitr) 
library(markdown) 
library(tools) 
md_file <- knit(file) 
html_file <- paste(file_path_sans_ext(md_file), '.html', sep = '') 
markdownToHTML(md_file, html_file)

klicken Sie auf "OK", "OK".

3) zurück in Ihrem Projekt, in dem Projekt-Explorer Ansicht der rechten Maustaste auf die minimal.Rmd Datei, und wählen Sie "Snippet Run-Code in R -> Rmd2html"

Diese erzeugen soll die Datei minimum.html

Quelle

2014-01-14 12:52:14

Gibt es eine Möglichkeit, .rmd-Dateien mit der externen Tools-Funktion des StatET Eclipse-Plugins zu erstellen und zu produzieren?

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