CMG Biotools - ein Perl-basiertes Werkzeug

Question

sub runBlast { 
    # order is preserved ! 
    for (my $subject_counter = 0 ; $subject_counter < scalar (@{$xmlcfg->{sources}[0]->{entry}}) ; $subject_counter++) { 
     my $subjectTitle = $INFO{$subject_counter}{title}; 
     my $subjectSubtitle = $INFO{$subject_counter}{subtitle}; 
     for (my $query_counter = 0 ; $query_counter < scalar (@{$xmlcfg->{sources}[0]->{entry}}) ; $query_counter++) { 
      my $queryTitle = $INFO{$query_counter}{title}; 
      my $querySubtitle = $INFO{$query_counter}{subtitle}; 
      $tab_h{"$query_counter-$subject_counter"} = $cm->start(); 
      unless ($tab_h{"$query_counter-$subject_counter"}) { 
       my $blastreport_scratch = "$scratch/$query_counter-$subject_counter.blastout.gz"; 
       my $jobid = md5 ("$scratch/$query_counter.fsa" , "$scratch/$subject_counter.fsa") ; 
       system "$perl /usr/biotools/indirect/cacher --id='$jobid' --source='$cache_source' -action get > $blastreport_scratch"; 
       if ($? != 0 or $clean or -s $blastreport_scratch == 0) { 
        print STDERR "# jobid $jobid not in cache - redoing\n"; 
        my $cmd = "$BLASTALL -F 0 -p blastp -d $scratch/$subject_counter.fsa -e 1e-5 -m 7 < $scratch/$query_counter.fsa | $TIGRCUT | gawk '{print \$1\"\\t\"\$2}' | $gzip > $blastreport_scratch"; 
        system $cmd; 
        die "# failed at '$cmd'\n" if $? != 0; 
        system "$perl /usr/biotools/indirect/cacher --id=$jobid --source=$cache_source -action put -expire 100 < $blastreport_scratch"; 
       } else { 
         my $s = -s $blastreport_scratch; 
         print STDERR "# fetched jobid $jobid from cache ($s bytes)\n"; 
       } 
       exit; 
      } 
     } 
    } 
    $cm->wait_all_children; 
} 

Ich bin völlig Null in Perl-Programmierung. Ich musste dieses Tool namens CMG Biotools ausführen, das in Perl codiert wurde.

Ich füge einen Teil seines Codes hier an. Kann mir bitte jemand sagen, wenn jobid not in cache...redoing Nachricht angezeigt wird. code for CMG biotools

Answer 1

Ihr Skript, blastmatrix, versucht, eine externe zu verwenden (das Skript) Perl-Tool "Cacher" genannt - /usr/biotools/indirect/cacher - Übergabe von Parametern

• -action get
• --source='$cache_source'; und
• --id='$jobid'

So wird das Skript attemting einen Auftrag mit ID abzurufen $jobid von einem Caching utillity und seinem Scheitern. Nach dem Fehlschlagen scheint der Verweis auf "Wiederholen" ein Versuch zu sein, BLASTALL auszuführen, also /usr/biotools/blast/bin/blastall, und führt dann den gleichen Cache-Befehl erneut aus.

Also, wenn alles, was Sie sehen, ist die Nachricht, aber das Skript funktioniert, dann würde ich raten - und das ist alles, was ich tun kann - dass BLASTALL ist ein Problem aufräumen - eine unerwartete Datei, eine fehlende Datei - wer weiß - und der zweite Versuch im Cache funktioniert.

Wenn es überhaupt nicht funktioniert, kann ich nur sagen, dass es schließlich scheitert - was eine andere Sache ist als sagen "die Ursache ist ..." - wenn es versucht, den Cacher zu verwenden.

Hinweis - all das ist spekulativ.