Biopython-Skript funktioniert nicht, sendet Errortype Generator

Question

Ich habe ein paar Fehler, die ich nicht verstehe, wenn Sie versuchen, eine XML-Datei mit biopython zu analysieren, kann mir bitte jemand helfen, dies zu verstehen?

TypeError: object of type 'generator' has no len() 

    from Bio import SearchIO 
    blast_qresults=SearchIO.parse('my_file.xml', 'blast-xml') 
    len(blast_qresults) 

    or 

    blast_qresults.hit 

AttributeError: 'generator' object has no attribute 'hit 

Answer 1

Ich glaube, dies ist die Syntax Sie wollen:

from Bio import SearchIO 

blast_qresults = SearchIO.parse('my_file.xml', 'blast-xml') 

for hit in blast_qresults: 
    print(hit) 

Da blast_qresults ein Generator ist, können Sie nur "zu Fuß" es einmal.