Ist es möglich, stdout mit write_csv() aus readr zu schreiben?

Question

Ich verwende bash zu Rohrdaten durch eine Rscript etwa so: cat random.csv | Rscript test.R arg >| delete.csv

Mein Ziel, die R Paket readr sowohl verwenden lesen stdin und stdout schreiben. Ich habe die answer to stdin here gefunden.

test.r

#!/usr/bin/Rscript 
suppressMessages(library(readr)) 

args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE) 

df.in <- read_csv(file("stdin")) 

write_csv(df.in, path = stdout()) 

Der obige Code erzeugt die folgende Fehlermeldung in der Befehlszeile:

Fehlermeldung

Error in path.expand(path) : invalid 'path' argument 
Calls: write_csv -> write_delim -> normalizePath -> path.expand 
Execution halted 

ich auch write_csv(df.in, file("stdout")) versucht haben und write_csv(df.in, stdout()) produziert die gleiche Fehlermeldung.

Für Reproduzierbarkeit, hier ist ein Link zu einer random.csv

Definition of variables, by WHO for the Global Tuberculosis Report [43kb]

Answer 1

Es gibt eine format_csv Funktion für das in readr. Verwenden Sie diese statt write_csv:

cat(format_csv(df.in)) 

Answer 2

für von stdin zu lesen:

df.in <- read_csv(paste(collapse = "\n", readLines(file("stdin")))) 

zum Schreiben auf stdout:

writeLines(format_csv(tibble(a=c(1,2))), stdout()) 

#or 
writeLines(format_csv(df.in), stdout()) 

Ein großes Lob an: jimhester