Hinzufügen von Node-Labels zum Dendrogramm-Plot in denendendend

Ich habe ein Dendrogramm mit Blatt- und Knotenbeschriftungen (Klasse = phylo, eingelesen mit read.tree). Nach der Konvertierung in die Dendrogrammklasse sind die Knotenbeschriftungen nicht mehr vorhanden. Ich möchte jedoch das Dendrogramm darstellen, indem ich über einigen Knoten Beschriftungen (d. H. In der Form NODE_1 usw. über den ausgewählten Clustern) zeige.Hinzufügen von Node-Labels zum Dendrogramm-Plot in denendendend

Weiß jemand, wie kann ich Knotenbeschriftungen Dendrogramm Klasse bekommen und sie zum Plot hinzufügen? Etwas ähnliches wie das, aber anstelle von Zahlen gibt es ID-s oder Etiketten und nur einige Auswahl der Knoten haben die Etiketten.

Quelle

2017-10-20 Liis Kolberg

Sie könnten 'get_nodes_xy' verwenden, aber ich bin mir nicht sicher, wie Sie die Logik des Speicherns verwalten und jedem Knoten mitteilen, was er plotten soll. –

würde ich Ihr Dendrogramm phylo Klasse mit as.phylo konvertieren. Beim Plotten können Sie plot(phylo, show.node.label = TRUE) tun.

Quelle

2017-10-20 08:44:30 patL

Vielen Dank für den Vorschlag, aber es scheint, dass Plotten als Phylo zeigt nicht die Waage, nicht so einfach horizontal zu plotten und auch ich bin mir nicht sicher, ob ich color_branches() mit dieser Klasse verwenden kann. –

@Liis Kolberg Sie können Ihre Phylo-Zweige mit 'edge.color' einfärben und die gewünschten Farben einstellen. Mit der Funktion 'add.scale.bar' können Sie Ihre Skalierung darstellen. – patL

Hinzufügen von Node-Labels zum Dendrogramm-Plot in denendendend

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