So suchen Sie als Untersequenz

Question

Ich möchte eine Datenbanktabelle durchsuchen und jede Zeichenfolge, die eine Untersequenz einer anderen Zeichenfolge ist, zurückgeben.

Wenn ich will nach einer Zeichenfolge suchen, die auf eine andere Zeichenfolge gleich ist, verwende ich die folgenden:

SELECT kmer from data where kmer="ATCG" 

Unter der Annahme, Kmer = „ATCG“, wird eine Übereinstimmung gefunden werden. Was aber, wenn ich als Teilsequenz suchen wollte? Etwas wie das Folgende:

SELECT kmer from data where kmer in "XXATCGXX" 

Aber offensichtlich ist diese Syntax falsch. Diese Strings sind statisch und ich kann keine Platzhalter mit der LIKE-Syntax verwenden.

Um klar zu sein, eine der folgenden Werte ein Spiel zurückgeben sollte:

X 
XX 
XAT 
XATC 
ATC 
TC 
GX 
CGXX 
A 
T 
C 
G 

um nur einige Beispiele zu nennen. Dies sind alles Subsequenzen von "XXATCGXX", also kann ich Wildcats verwenden, um alle diese Möglichkeiten abzudecken?

Answer 1

LIKE wird in der Regel mit einem Spaltenwert auf der linken Seite, sondern als von Oberst zweiunddreißig erwähnt, können Sie nur den Vergleich umkehren:

SELECT kmer FROM data WHERE 'XXATCGXX' LIKE '%' || kmer || '%';