Es klingt wie Sie fragen, welche Stücke, in denen Dateien gehen.
Ist Ihr Projekt eine Webanwendung? In diesem Fall würden Sie wahrscheinlich das von Ihrem Framework (Rails, Merb, Sinatra usw.) auferlegte System der Organisation verwenden.
Andere Arten von Projekten haben auch ihre eigene typische Struktur, der Sie einfach folgen können. Z.B. Edelsteine sind in der Regel in einer bestimmten Weise eingerichtet.
Wenn es eine Konsole App ist, gibt es keine strenge Regel. Üblicherweise legen Leute nicht mehr als eine Klasse oder ein Modul in eine Datei. Sie könnten eine Hauptdatei haben, die alle anderen benötigt.