Perl reguläre Ausdruck Mismatchs repetitive Strings

Question

Ich versuche, mindestens vier G-Wiederholungen, jede Wiederholung getrennt durch ein Maximum von 7 Zeichen. Beispiel:

AAGGGAAGGGAAAGGGAAGGGAA 

Ich verwende folgende Regex, die Groß- und Kleinbuchstaben entsprechen sollte.

$sequence =~ /((G{3,}[ATGC]{1,7}){3,}G{3,})/gi 

Dies sollte mindestens vier G-Wiederholungen entsprechen. Das Problem ist, dass ich einen positiven Erfolg, wenn ich die folgende Sequenz übereinstimmen:

aaagaggaaaaggggaaaaggggaaaaggggaaa 

Die erste Wiederholung in dieser Sequenz enthält drei gs, durch eine ein getrennt. Daher sollte diese Sequenz nicht übereinstimmen.

Lösung 1: Das Problem schien der Modifikator/i zu sein. Ich könnte es korrigieren, indem Sie die Regex ändern:

$sequence =~ /(([gG]{3,}[aAtTgGcC]{1,7}){3,}[gG]{3,})/g 

Lösung 2 von Ikegami zur Verfügung gestellt: Negative Lookahead.

$sequence =~ /(([?!G]{3,}[ATGC]{1,7}){3,}[G]{3,})/gi 

Danke @ikegami für den Hinweis und für die Einreichung der Fehlerbericht.

Answer 1

$ perl -E'say $& while "aaagaggaaaaggggaaaaggggaaaaggggaaa" =~ /((G{3,}[ATGC]{1,7}){3,}G{3,})/gi' 
gggaaaaggggaaaagggg 

Sie haben einen Fehler gefunden! Ich habe eine bug report eingereicht.

Dieser Fehler tritt seit mindestens 5.10 auf und ist in der neuesten Version (5.24.0) enthalten.

Update: Behoben in Perl 5.26, veröffentlicht am 2017-05-30.