Kreisdiagramme Knoten Cytoscape

Question

I eine .txt-Tabelle wie folgt aus:

column1: Source Node 
column2: Target Node 
column3: Edge attribute 
column4: Source Node attribute 

die 4. Spalte eine Liste von Gleitkommazahlen ist wie folgt:

example: 0.01,0.8,0.1,0.9 

Diese Werte sind Prozentwerte (die Die Summe aller Werte in einer Zeile ist = 1), da alle Knoten von verschiedenen Bedingungen abgeleitet sind.

Was ich möchte, ist ein Cluster, in dem jeder einzelne Knoten ein Kreisdiagramm ist, und die Bogenlänge jedes Segments sind die Prozentwerte. Also im obigen Beispiel hätte ich ein Kreisdiagramm mit einer Bogenlänge von 1%, 80%, 10%, 9%

Wie kann ich das tun? Wenn ich versuche, es in den Eigenschaften Bild/Diagramm im Menü Stil zu setzen, erhalte ich einen merkwürdigen Fehler und die Knoten verschwinden aus dem Cluster. Gibt es ein Tutorial? Etwas, das ich benutzen kann? Ich benutze Cytoscape 3.3 Danke für Ihre Hilfe!

Mike

Answer 1

Es gibt eine App EnhancedGraphics für grafische Darstellungen in Knoten genannt. Cytoscape Apps werden über den App Store vertrieben. Dieser fügt Eigenschaften wie Steigungen und Diagramme hinzu. Sie können zu apps.cytoscape.org gehen und nach Erweiterungen suchen.

http://apps.cytoscape.org/apps/enhancedgraphics

ein Diagramm zu einem Knoten hinzuzufügen, ist einfach:

eine neue Textspalte in der Tabelle Knoten Erstellen Sie die Chart-Anweisungen hinzufügen (siehe unten für die Proben sehen) einen visuellen Stil einrichten, das die Spalte verwendet Sie haben eine Passthrough-Zuordnung für einen der CustomGraphics-Stile erstellt.

Einige Beispiel-Diagramm Anweisungen:

Gradienten, basisches Diagramme, Circos Diagramme und Etiketten

anzumerken, dass Werte können entweder durch eine Valuelist oder über eine attribute bereitgestellt werden. Farben können nach Schlüsselwort oder durch Angabe einer Farbe für Werte über Null, bei Null oder unter Null sein. Weitere Dokumentationen sind in Vorbereitung, und die Entwicklung einer Benutzeroberfläche zum Erstellen dieser Spalten ist im Gange.