Exportieren von Cytoscape Edge-Tabelle

Question

Ich bin sehr neu in Cytoscape und habe das Gefühl, ein leicht zu lösendes Problem zu sein. Ich nutze die Drag & Drop-Funktionalität von Cytoscape, um Netzwerke aufzubauen (ich übersetze im Prinzip Fotos von Insektenspuren-Netzwerken in Cytoscape-Darstellungen - das macht den Aufbau der Netzwerke viel einfacher). Das Problem ist, dass ich die Kantentabelle von Cytoscape zur weiteren Analyse in R exportieren muss. Cytoscape exportiert eine CSV-Datei, die eine Spalte hat, die wie folgt aussieht:

„Knoten 5 (ungerichteten) Node 2“ < - alles in einer einzigen Spalte

Was Datei muss ich entweder eine .csv das enthält entweder eine Adjazenzmatrix oder eine Kantenliste (wobei Kanten als Paare von Knoten dargestellt werden, wobei jeder Knoten in seiner eigenen Spalte ist). Gibt es einen einfachen Weg, dies zu tun? Vielen Dank im Voraus!

Answer 1

Es gibt mehrere Lösungen:

Die http://apps.cytoscape.org/apps/adjexporter können Sie das Netzwerk als adjecency Matrix

Sie direkt von R nach Cytoscape verbinden können exportieren die CyREST Schnittstelle: http://apps.cytoscape.org/apps/cyrest

Sie können alle ersetzen (ungerichtet) Begriffe mit einem Tab

hoffe, das hilft, Piet