neue kategoriale Variable basierend auf Min-Wert für jeden Patienten erstellen

Question

Ich habe einen Datensatz von wiederholten Messungen (hb) über die Zeit (Tag) für verschiedene Patienten (record_id). Ich würde gerne den Nadir Wert von HB für jeden Patienten finden, und dann verwenden Sie es eine kategorische Variable, die die Patienten in "niedrigen Nadirhb" (< 70), "Mitte Nadirhb" (70-90) und "High Nadirhb" (> 90). Ich würde für Ihre Hilfe sehr dankbar sein, wie ich ganz fest am ...

record_id Day hb 
1 0 122 
1 1 90 
1 2 71 
1 3 71  
2 0 139 
2 1 130 
2 2 119 
2 3 106 
3 0 89 
3 1 126 
3 2 127 
3 3 110 
4 0 90 
4 1 86 
4 2 82 
4 3 78 
5 0 118 
5 1 108 
5 2 95 
5 3 94 

ich den Code unten versucht, aber ich kann nicht fusionieren df und x1:

x1 <- aggregate(hb~record_id, data=df, FUN=function(df) c(min=min(df), count=length(df))) #this successfully finds the min hb for each patient 
x1<- rename(x1, c("hb" = "nadirhb")) 
x1 <- as.data.frame(x1) 
m=merge(df,x1,by="record_id") 
summary(df$nadirhb) 
#create hb categorical variable 
df$hbcat[df$nadirhb >=90] <- 2 
df$hbcat[df$nadirhb >=70 & df$hb <90] <- 1 
df$hbcat[df$nadirhb <70] <- 0 
table(df$hbcat) 

Answer 1

Mit dplyr Marken das ist intuitiv.

library(dplyr) 

# get min value for each record 
df <- df %>% group_by(record_id) %>% mutate(min_hb = min(hb)) 

# create categorical variable dividing patients into segments 
df <- df %>% mutate(hb_segment = ifelse(min_hb < 70, "low", 
          ifelse(min_hb < 90, "middle", "high"))) 

Dann Spalten auswählen und

# filter to single row per patient 
df_patient <- df %>% 
    select(record_id, min_hb, hb_segment) %>% 
    distinct() 

Ergebnis

record_id min_hb hb_segment 
     (int) (int)  (chr) 
1   1  71  middle 
2   2 106  high 
3   3  89  middle 
4   4  78  middle 
5   5  94  high 

EDIT pro Patient einreihige filtern: wie Steven Beaupre in den Kommentaren darauf hingewiesen, können Sie auch dies tun können:

df %>% group_by(record_id) %>% 
    summarise(min_hb = min(hb)) %>% 
    mutate(hb_segment = ifelse(min_hb < 70, "low", ifelse(min_hb < 90, "middle", "high"))) 

wh Ich bin ein bisschen kürzer