Installieren einer R-Bibliothek für die Arbeit mit R Magie in einem Anaconda Jupyter Notebook

Question

Ich versuche, ein Tutorial für Prophet, die R-Magie in einem Jupyter Notebook verwendet. Der folgende Code:

%%R 
library(prophet) 
df <- read.csv('../examples/example_wp_peyton_manning.csv') 
df$y <- log(df$y) 
m <- prophet(df) 
future <- make_future_dataframe(m, periods=366) 

gibt diese:

Error in library(prophet) : there is no package called ‘prophet’ 

Dann in meinem ipython Notebook ich dies auszuführen:

from rpy2.robjects.packages import importr 
utils = importr('utils') 
utils.install_packages('prophet') 

Welche gibt diese:

--- Please select a CRAN mirror for use in this session --- 
Secure CRAN mirrors 

1: 0-Cloud [https]     2: Australia (Canberra) [https] 
3: Australia (Melbourne) [https] 4: Australia (Perth) [https]  
5: Austria [https]     6: Belgium (Ghent) [https]  
7: Brazil (RJ) [https]    8: Brazil (SP 1) [https]   
9: Bulgaria [https]    10: Chile 1 [https]    
11: China (Lanzhou) [https]  12: Colombia (Cali) [https]  
13: Czech Republic [https]   14: Denmark [https]    
15: France (Lyon 1) [https]  16: France (Lyon 2) [https]  
17: France (Marseille) [https]  18: France (Montpellier) [https] 
19: France (Paris 2) [https]  20: Germany (Münster) [https]  
21: Iceland [https]    22: Indonesia (Jakarta) [https] 
23: Ireland [https]    24: Italy (Padua) [https]   
25: Japan (Tokyo) [https]   26: Malaysia [https]    
27: Mexico (Mexico City) [https] 28: Norway [https]    
29: Philippines [https]   30: Russia (Moscow) [https]  
31: Spain (A Coruña) [https]  32: Spain (Madrid) [https]  
33: Sweden [https]     34: Switzerland [https]   
35: UK (Bristol) [https]   36: UK (Cambridge) [https]  
37: UK (London 1) [https]   38: USA (CA 1) [https]   
39: USA (KS) [https]    40: USA (MI 1) [https]   
41: USA (TN) [https]    42: USA (TX 1) [https]   
43: USA (TX 2) [https]    44: (other mirrors)   

Ein Eingabefeld angezeigt und eine Auswahl, die ich mache führt zu diesem:

Ich habe RStudio, und Prophet ist ein Lauf ohne Probleme in R Studio. Dies sagt mir, dass ich irgendwo einen anderen R-Kernel laufen lasse, der mit der Umgebung in Anaconda verbunden ist, oder einen anderen Konfigurationsfehler.

Gibt es eine Möglichkeit, dieses Problem zu beheben, damit ich R mit dem Kernel ausführen kann, den ich in R Studio habe, oder den aktuellen R-Kernel zwingen, Prophet zu installieren?

Woher weiß ich die Position des R-Kernels, der von R magic in diesem Jupyter-Notebook verwendet wird?

Ich benutze einen Mac, und ich könnte einige vernetzte Dateien usw. (Mein Jupyter Notebook zeigt 6 Kernel, wenn ich wirklich 3. habe. Es wiederholt sich, was ich zweimal habe).

Dank

Answer 1

Sie haben wahrscheinlich 2-Version von R. Wenn Sie R Kernel von Anaconda installieren, seine eigene Version installiert, unabhängig davon, was Sie in in RStudio haben. Das sollten Sie tun. Von einem Jupyter Notebook, das folgende in einer Zelle aus:

%load_ext rpy2.ipython 

Dann

%%R 
.libPaths() 

Es sollte wie folgt zurück:

[1] "/Users/user/anaconda/lib/R/library" 

Jetzt RStudio gehen und die gleiche Leitung laufen :

.libPaths() 

Es pr obably etwas wie folgt zurück:

[1] "/Users/user/Library/R/3.2/library"      
[2] "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library" 

In diesem Beispiel können Sie sehen, dass ein R in Anakonda ist, und das andere ist ein Stand-alone R.Dasjenige in Ihrem RStudio, in dem Sie Prophet korrekt geladen haben, ist das Standalone.

Die beste Lösung ist, wenn RStudio dieselbe Version verwendet, die Conda verwendet. Um dies zu tun, gibt es viele Möglichkeiten, zwischen den beiden Versionen zu wechseln, aber am besten verwenden Sie ein einfaches Dienstprogramm namens Rswitch, das Sie von here herunterladen können.

RSwitch erkennt alle Versionen von R, die Sie in Ihrem Computer haben, und ermöglicht Ihrem RStudio, zwischen den verschiedenen Versionen von R zu wechseln, die Sie haben.

Auch hier ist mein Vorschlag auf die Version von R zu schalten, dass Conda verwendet, und aus RStudio, installieren Sie Ihre Pakete tun es von einem Jupyter Notebook zu vermeiden, die Fehler wie die

zeigen

rpy2.rinterface.NULL

, die Sie angegeben. Hoffe, das funktioniert.

Answer 2

Viele Fragen in der Frage. Einen davon beantworten:

Woher weiß ich, wo sich der von R Magic verwendete R-Kern in diesem Jupyter-Notebook befindet?

In Jupyter, tun:

%run -m rpy2.situation