Verwenden von Rpy2 für Inline-Rmagic mit Jupyter Notebook

Question

Ich versuche, Inline-Rmagic mit Jupyter Notebook zu verwenden, aber hatte eine extrem schwierige Zeit versucht, es zur Arbeit zu bekommen.

Immer wenn ich versuche %load_ext rpy2.ipython zu laden, erhalte ich folgende Fehlermeldung:

ImportError: dlopen(/Users/MyName/anaconda/lib/python2.7/site 
    packages/rpy2/rinterface/_rinterface.so, 2): Library not loaded: liblzma.5.dylib 
    Referenced from: /Users/MyName/anaconda/lib/python2.7/site- 
    packages/rpy2/rinterface/_rinterface.so 
    Reason: image not found 

habe ich versucht, es mit pip installieren, versucht es mit conda install -c r rpy2 installieren.

Neben diesem rpy2 Problem, ich war Lage R und Jupyter Notebook einzurichten, so dass ich ein neues Notebook mit R erstellen, es scheint so nicht ein R/Jupyter Kommunikationsproblem zu sein.

Ich betreibe: in diesen Tagen

OS X (El Capitan) 
Python 2.7.12 :: Anaconda 4.1.1 (x86_64) 
R version 3.3.1 (2016-06-21) (located as in /Users/myName/anaconda/bin) 
rpy2 2.8.3 (located in /Users/myName/anaconda/lib/python2.7/site-packages/) 

Gibt es eine Möglichkeit rpy2 zu bekommen mit Jupyter Notebook zu arbeiten?

Answer 1

Ich konnte dies durch eine Neuinstallation anaconda zur Arbeit kommen, und rpy2 durch Conda Installation:

conda install rpy2 

Dies wird R und viele Abhängigkeiten für anaconda installieren. Verwenden Sie diese R und nicht das System R. Die PATH sollte automatisch aktualisiert werden, nachdem anaconda installiert ist, aber nur für den Fall, stellen Sie sicher, anaconda vorangestellt:

setenv PATH /Users/myName/anaconda2/bin:$PATH 

Es kritische die in der Lage sein rpy2 die Renviron Datei zu finden, die neu in anaconda installiert werden soll . Ich fand mein hier (ich gerade gesucht es Scheinwerfer verwenden):

/Users/myName/anaconda2/lib/R/ 

, die ich dann in die R_HOME variabel gemacht, dass rpy2Renviron zu finden erfordert. Ich habe meinen Benutzername auch angegeben:

setenv R_HOME /Users/myName/anaconda2/lib/R/ 
setenv R_USER myName 

(. Beachten Sie, dass which R/Users/myName/anaconda2/bin/R/ zurückkehren wird, aber das ist nicht R_HOME Dieses ausgelöst mich ewig nach oben).

Answer 2

Dies sieht aus wie ein Conda-Problem für mich (lzma zur Build-Zeit vorhanden, aber zur Laufzeit fehlt).

Is there any way to get rpy2 to work with Jupyter notebook these days?

Wahrscheinlich mehr als ein Weg, es zu erreichen, aber die Docker-Container auf der Titelseite erwähnt (http://rpy2.bitbucket.org/) werden alle Stücke zusammen in einem Schritt zu bekommen.