Fehler bei der Installation von samtools für Python unter Windows

Question

Ich versuche, Pysam und Pybedtools Module auf Python 3.4 zu installieren. Aber ich habe einen Fehler:

Collecting pysam 
    Using cached pysam-0.9.0.tar.gz 
    Complete output from command python setup.py egg_info: 
    '.' is not recognized as an internal or external command, 
    operable program or batch file. 
    # pysam: htslib mode is shared 
    # pysam: htslib configure options: None 
    Traceback (most recent call last): 
     File "<string>", line 1, in <module> 
     File "C:\Users\ikirov.CLO\AppData\Local\Temp\pip-build-_me_xeme\pysam\setup.py", line 212, in <module> 
     sys.abiflags)] 
    AttributeError: 'module' object has no attribute 'abiflags' 

Könnten Sie bitte helfen Sie mir damit?

Answer 1

Hallo Ich habe den gleichen Fehler letztes Jahr während einer meiner Klasse.

Wie ich damals weiß, wird Pysam einfach nicht mit Python3 + Windows-Umgebung arbeiten. Siehe: https://github.com/pysam-developers/pysam/issues/353 sieht aus wie es jetzt noch ungelöst ist.

Für meine Hausaufgaben, ich habe gerade diese http://bow.codeplex.com/

Und mein Vorschlag verwendet wird, nur versuchen, Linux zu verwenden oder eine python2 zu bekommen. Ja, ich weiß, dass das wissenschaftliche Feld am langsamsten für den Übergang 2> 3 ist. Es nervt.