GOHeat - x Achsenbeschriftungen (Gennamen) werden nicht in der Zeichnung angezeigt

Question

Ich versuche meine Gene Ontology Daten mit GOplot Paket, speziell GOHeat() Funktion, zu plotten. Leider gibt es ein Problem mit der Anzeige von Gen-Namen - x-Achsen-Label auf der Handlung. Hier ist die Visualisierung des Problems:

Grundstück von Vignette, die ist, wie es aussehen sollte:

und hier ist, wie es aussieht, wenn ich es zeichnen:

Ich entschied sich für eine nehmen näher auf GOHeat() -Funktion und es ist preety einfach, die ganze Funktion ist here aber ich habe versucht, ggplot() zu ändern:

g <- ggplot() + 
    geom_tile(data = df_o, aes(x = x, y = y, fill = z))+ 
    scale_x_discrete(breaks = 1:length(unique(df_o$x)), labels = unique(df_o$lab)) + 
    theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5), axis.title.x=element_blank(), axis.title.y=element_blank(), 
      axis.text.y = element_text(size = 14), panel.background=element_blank(), panel.grid.major=element_blank(), 
      panel.grid.minor=element_blank()) 

Ich denke, dass die Marigins in axis.text.x = element_text(...) aber meine Bemühungen die Handlung überhaupt nicht geändert haben, oder sogar Ome Fehler aufgetreten sind.

Um die Dinge einfacher zeige ich, wie Daten wie folgt aussieht:

> head(unique(df_o$x)) 
[1] 1 2 3 4 5 6 
> head(unique(df_o$lab)) 
[1] TGFBR3 NRP2 GNA13 SLC22A5 APOE LEPR 
37 Levels: ACVRL1 AMOT APOE ATP6V0A1 CAV1 CDH2 CDH5 CERKL CXCR4 ECSCR  EFNB2 FGF2 ... VANGL2 

ich für jeden Hinweis sehr dankbar sein werde, wie man ‚einschalten‘ x-Achse Etiketten. Hier

Answer 1

ist eine feste Funktion:

GOHeat_fix <- function (data, nlfc, fill.col) 
{ 
    x <- y <- z <- NULL 
    if (missing(nlfc)) 
    nlfc <- 0 
    else nlfc <- nlfc 
    if (missing(fill.col)) 
    fill.col <- c("firebrick", "white", "dodgerblue") 
    else fill.col <- fill.col 
    distance <- dist(data) 
    cluster <- hclust(distance) 
    M <- dim(data)[2] 
    nterm <- M - nlfc 
    if (nlfc == 0) { 
    s <- rowSums(data[, 1:nterm]) 
    tmp <- NULL 
    for (r in 1:nrow(data)) { 
     tmp <- c(tmp, as.numeric(gsub(1, s[r], data[r, 1:nterm]))) 
    } 
    } 
    else { 
    tmp <- NULL 
    for (r in 1:nrow(data)) { 
     tmp <- c(tmp, as.numeric(gsub(1, data[r, (nterm + 
                1)], data[r, 1:nterm]))) 
    } 
    } 
    df <- data.frame(x = factor(rep(cluster$order, each = nterm)), y = rep(colnames(data[, 
                       1:nterm]), length(rownames(data))), z = tmp, lab = rep(rownames(data), 
                                     each = nterm)) 
    df_o <- df[order(df$x), ] 
    g <- ggplot() + 
    geom_tile(data = df_o, aes(x = x, y = y, fill = z)) + 
    scale_x_discrete(breaks = 1:length(unique(df_o$x)), labels = unique(df_o$lab)) + 
    theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), 
      axis.title.x = element_blank(), 
      axis.title.y = element_blank(), 
      axis.text.y = element_text(size = 14), 
      panel.background = element_blank(), 
      panel.grid.major = element_blank(), 
      panel.grid.minor = element_blank()) + 
    coord_fixed() 
    if (nlfc == 0) { 
    g + scale_fill_gradient2("Count", space = "Lab", low = fill.col[2], 
          mid = fill.col[3], high = fill.col[1]) 
    } 
    else { 
    g + scale_fill_gradient2("logFC", space = "Lab", low = fill.col[3], 
          mid = fill.col[2], high = fill.col[1]) 
    } 
} 

Beispiel:

library(GOplot) 
data(EC) 
circ <- circle_dat(EC$david, EC$genelist) 
chord <- chord_dat(data = circ, genes = EC$genes, process = EC$process) 
GOHeat_fix(chord[,-8], nlfc = 0) 

ich das Problem mit Etiketten festgelegt und hinzugefügt coord_fixed() da das ist, wie Heatmaps sind in der Regel gemacht.