Erstellen Sie ein JSON-Objekt in Python

Question

Ich versuche, ein JSON-Objekt zu erstellen und an eine Liste anfügen, aber ohne Erfolg. bekam ich diesen Fehler Massage mit:

Traceback (most recent call last): 
    File "/projects/circos/test.py", line 32, in <module> 
    read_relationship('data/chr03_small_n10.blast') 
    File "/projects/circos/test.py", line 20, in read_relationship 
    tmp = ("[source: {id: '{}',start: {},end: {}},target: {id: '{}',start: {}, end: {}}],").format(parts[0],parts[2],parts[3],parts[1],parts[4],parts[5]) 
KeyError: 'id' 

mit dem folgenden Code

def read_relationship(filename): 
    data = [] 
    with open(filename) as f: 
     f.next() 
     for line in f: 
      try: 
       parts = line.rstrip().split('\t') 
       query_name = parts[0] 
       subject_name = parts[1] 
       query_start = parts[2] 
       query_end = parts[3] 
       subject_start = parts[4] 
       subject_end = parts[5] 


       # I need: [source: {id: 'Locus_1', start: 1, end: 1054}, target: {id: 'tig00007234', start: 140511, end: 137383}], 
       tmp = ("[source: {id: '{}',start: {},end: {}},target: {id: '{}',start: {}, end: {}}],").format(parts[0],parts[2],parts[3],parts[1],parts[4],parts[5]) 
       data.append(tmp) 

      except ValueError: 
       pass 

    with open('data/data.txt', 'w') as outfile: 
     json.dump(data, outfile) 


read_relationship('data/chr03_small_n10.blast') 

Was habe ich verpasst?

Answer 1

Sie verwenden json.dump() Funktion falsch.

Sie ein Objekt übergeben und ein Dateiobjekt:

json.dump(object, fileobject) 

Verwenden dict für Schlüsselwert-Mapping:

def read_relationship(filename): 
    data = [] 
    with open(filename) as f: 
     f.next() 
     for line in f: 
      try: 
       parts = line.rstrip().split('\t') 
       query_name = parts[0] 
       subject_name = parts[1] 
       query_start = parts[2] 
       query_end = parts[3] 
       subject_start = parts[4] 
       subject_end = parts[5] 

       # use dict here 
       item = { 
        'source': { 
         'id': query_name, 
         'start': subject_name, 
         'end': query_start 
       }, 
        'target': { 
         'id': query_end, 
         'start': subject_start, 
         'end': subject_end 
        } 
       } 
       data.append(item) 

      except ValueError: 
       pass 

    with open('data/data.txt', 'w') as outfile: 
     json.dump(data, outfile) 


read_relationship('data/chr03_small_n10.blast') 

Answer 2

Sie müssen Doppel die { und } Zeichen, die keine Platzhalter sind; {id:...} wird ansonsten als benannte Platzhalter gesehen:

tmp = (
    "[source: {{id: '{}',start: {},end: {}}}," 
    "target: {{id: '{}',start: {}, end: {}}}],").format(
     parts[0], parts[2], parts[3], parts[1], parts[4], parts[5]) 

Die {{ und }} Sequenzen auf, als einzelne { und } Zeichen in der Folge beenden.

Anstatt getrennt alle Teile zu setzen, verwenden numerierten Ablagefächer:

tmp = (
    "[source: {{id: '{0}',start: {2},end: {3}}}," 
    "target: {{id: '{1}',start: {4}, end: {5}}}],").format(
     *parts) 

Sie sollten mit dem csv Modul betrachten Sie Ihre TSV Daten zu lesen, und wenn Sie für die obigen Daten gemeint Teil der sein JSON-Dokument (nicht als eingebettete Zeichenfolge, sondern als separate JSON-Arrays und -Objekte) und dann als Zeichenfolge formatiert wird nicht funktionieren.

Sie benötigen Ihre CSV-Spalten auf ganze Zahlen konvertieren jedoch zuerst:

import csv 
import json 

def read_relationship(filename): 
    data = [] 
    with open(filename, 'rb') as f: 
     reader = csv.reader(f, delimiter='\t') 
     next(reader, None) 
     for row in reader: 
      data.append([{ 
       'source': { 
        'id': row[0], 
        'start': int(row[2]), 
        'end': int(row[3]), 
       }, 
       'target': { 
        'id': row[1], 
        'start': int(row[4]), 
        'end': int(row[5]), 
       }, 
      }]) 

    with open('data/data.txt', 'w') as outfile: 
     json.dump(data, outfile)