Wie tidyr Spread Sortierspalten alphabetisch zu stoppen

Ich habe eine Tabelle 'Inputdf' mit Probenamen in zufälliger Reihenfolge in der Spalte 'SampleFileName'.Wie tidyr Spread Sortierspalten alphabetisch zu stoppen

> colnames(inputdf) 
[1] "Dye/SamplePeak" "SampleFileName" "Marker"   "Allele"   "Size"   "Height"   
[7] "Area"   "DataPoint"  "flank"   "correction"  "start"   "end"   
[13] "control"  "iithreshold" "CAG"

Ich verwende ergibt sich aus der ‚Höhe‘ Säule in separaten Spalten tidyr verteilt, wobei jede Spalte durch den Wert in ‚SampleFileName‘ genannt.

library(tidyr) 
height <- spread(inputdf, key=SampleFileName, value=Height, fill = 0, convert = FALSE) #Extract heights into separate columns for each sample

Mein Muster ist nicht in alphabetischer Reihenfolge in der Spalte ‚SampleFileName‘ und ich mag sie in dieser Reihenfolge halten. Spread sortiert sie jedoch automatisch alphabetisch. Ich wäre dankbar für deine Hilfe!

> colnames(height) 
[1] "Dye/SamplePeak"       "Marker"         
[3] "Allele"         "Size"         
[5] "Area"         "DataPoint"        
[7] "flank"         "correction"        
[9] "start"         "end"         
[11] "control"        "iithreshold"       
[13] "CAG"         "A01_MF20170522_FA_A01_2017-05-22_1.fsa" 
[15] "A01_MF20170623_FA_A01_2017-06-23_1.fsa" "A02_MF20170623_FA_A02_2017-06-23_1.fsa" 
[17] "A03_MF20170623_FA_A03_2017-06-23_1.fsa" "A05_MF20170623_FA_A05_2017-06-23_1.fsa" 
[19] "A06_MF20170623_FA_A06_2017-06-23_1.fsa" "A07_MF20170623_FA_A07_2017-06-23_1.fsa" 
[21] "A08_MF20170623_FA_A08_2017-06-23_1.fsa" "A09_MF20170623_FA_A09_2017-06-23_1.fsa" 
[23] "A10_MF20170623_FA_A10_2017-06-23_1.fsa" "A11_MF20170623_FA_A11_2017-06-23_1.fsa" 
[25] "A12_MF20170623_FA_A12_2017-06-23_1.fsa" "B01_MF20170623_FA_B01_2017-06-23_1.fsa" 
[27] "B02_MF20170623_FA_B02_2017-06-23_1.fsa" "B03_MF20170623_FA_B03_2017-06-23_1.fsa" 
[29] "B04_MF20170623_FA_B04_2017-06-23_1.fsa" "B05_MF20170623_FA_B05_2017-06-23_1.fsa" 
[31] "B06_MF20170623_FA_B06_2017-06-23_1.fsa" "B07_MF20170623_FA_B07_2017-06-23_1.fsa" 
[33] "B08_MF20170522_FA_B08_2017-05-22_1.fsa" "B08_MF20170623_FA_B08_2017-06-23_1.fsa" 
[35] "C01_MF20170623_FA_C01_2017-06-23_1.fsa" "C02_MF20170529_FA_C02_2017-05-30_1.fsa" 
[37] "C02_MF20170623_FA_C02_2017-06-23_1.fsa" "C05_MF20170623_FA_C05_2017-06-23_1.fsa" 
[39] "C07_MF20170623_FA_C07_2017-06-23_1.fsa" "C08_MF20170623_FA_C08_2017-06-23_1.fsa" 
[41] "C09_MF20170623_FA_C09_2017-06-23_1.fsa" "C10_MF20170623_FA_C10_2017-06-23_1.fsa" 
[43] "C11_MF20170623_FA_C11_2017-06-23_1.fsa" "C12_MF20170623_FA_C12_2017-06-23_1.fsa" 
[45] "D02_MF20170623_FA_D02_2017-06-23_1.fsa" "D03_MF20170623_FA_D03_2017-06-23_1.fsa" 
[47] "D04_MF20170623_FA_D04_2017-06-23_1.fsa" "D05_MF20170623_FA_D05_2017-06-23_1.fsa" 
[49] "D06_MF20170623_FA_D06_2017-06-23_1.fsa" "D08_MF20170623_FA_D08_2017-06-23_1.fsa" 
[51] "D10_MF20170623_FA_D10_2017-06-23_1.fsa" "D11_MF20170623_FA_D11_2017-06-23_1.fsa" 
[53] "D12_MF20170623_FA_D12_2017-06-23_1.fsa"

Quelle

2017-07-06 Mike

'tidyverse' kümmert sich im Allgemeinen sehr wenig um die Spaltenreihenfolge, da Variablen typischerweise mit Namen bezeichnet werden. Sie können 'select' verwenden, um sie danach neu anzuordnen (oder verwenden Sie' spread' nicht). – Axeman

Vielen Dank, ich würde vorschlagen Code für select() – Mike

Sie könnten so etwas versuchen.

library(tidyr) 

# Get vector of current column names (excluding "SampleFileName" and "Height" as they will not exist in final dataset) and all of the SampleFileName values. 
cols <- c(colnames(inputdf)[!(colnames(inputdf) %in% c("SampleFileName","Height"))], unique(inputdf$SampleFileName)) 

# Spread the SampleFileName column 
height <- spread(inputdf, key=SampleFileName, value=Height, fill = 0, convert = FALSE) 

# Select the columns in the order they are listed in the cols vector 
height <- height[,cols]

Quelle

2017-07-06 16:42:36

Danke, ich glaube, die Append-Zeile sollte lauten: cols <- append (Spalten, Spaltennamen (Höhe) [! (Spaltennamen (Höhe)% in% Spalten)]) Leider bekomme ich den folgenden Fehler: Fehler in '[.data.frame' (Höhe,, Spalten): undefinierte Spalten ausgewählt Auch die Vektor Spalten scheint Spalten in alphabetischer Reihenfolge immer noch, anstatt im Original Order – Mike

Ich denke, dieses neue Update sollte bekommen, was Sie suchen –

Vielen Dank, dass funktioniert – Mike

Wie tidyr Spread Sortierspalten alphabetisch zu stoppen

Antwort

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