Entfernen von Matrixelementen unter einem bestimmten Wert

Question

Ich habe eine Matrix mit Dimensionen unten, die Matrix enthält berechnete Abstände zwischen einer Reihe von genetischen Varianten, möchte ich eine neue Matrix erstellen oder die PosDiff-Matrix nur auf Entfernungen, die kleiner als sind oder gleich 500.000.

dim(PosDiff) 
[1] 597 41099 

ich habe subset() versucht, setdiff() und wackelig Ergebnisse erzielen wie eine Matrix mit 1 Säule und einer 41.099 Beobachtungen

Dank

Answer 1

Ok sie ein

# Generate a random matrix with 4 rows and 3 cols 
> m <- matrix(runif(12), nrow=4) 
> m 
#   [,1]  [,2]  [,3] 
#[1,] 0.62361346 0.7793682 0.9447203 
#[2,] 0.14844661 0.7335280 0.2936238 
#[3,] 0.08026447 0.8172304 0.1490721 
#[4,] 0.46406955 0.1701625 0.7193786 

# Then keep all the elements <= 0.5 setting all the rest to NA 
> m1 <- apply(m, FUN=function(x){ifelse(x<=0.5, NA, x)}, MARGIN = c(1,2)) 
> m1 
#   [,1]  [,2]  [,3] 
#[1,]   NA  NA  NA 
#[2,] 0.14844661  NA 0.2936238 
#[3,] 0.08026447  NA 0.1490721 
#[4,] 0.46406955 0.1701625  NA 

gehen Wenn Sie möchten nur die Werte kleiner als 0.5 dann können Sie m[which(m<=0.5)]

ausführen

Answer 2

Vielleicht brauchen Sie nur:

ifelse(PosDiff <= 500000., PosDiff, NA)

oder:

ifelse(PosDiff <= 500000., PosDiff, 0)

abhängig, ob Sie fehlenden Wert oder 0 statt Elemente haben wollen, die größer als 500000.

sind