merkwürdige Ausgabe von fread, wenn sie von knitr

Question

rufe ich die kürzlich eingeführte fread Funktion von data.table unter Verwendung von Daten-Dateien zu lesen. Wenn ich meinen Code in eine knitr (Rmd) Dokument wickeln, bemerkte ich einige seltsame Ausgang, nämlich Zeilen wie:

## 
0% 

obwohl die verbose Möglichkeit fread auf FALSCH gesetzt wurde. Ich habe sink verwendet, um diese Ausgabe zu verbergen, aber ich möchte das genaue Problem den Paketautor (en) melden. Hier ein kleines Beispiel:

library(knitr) 

test = "```{r} 
require(data.table) 
fread('1 2 3\n') 
```" 
knit2html(text=test, output="test.html") 
browseURL("test.html") 

Was ist der 0% Ausgang?

Answer 1

Es ist ein% Fortschrittszähler. Für mich ist es druckt 0%, 5%, 10%, ... 95%, 100% (zum Beispiel) mit einem \r am Ende, um es auf einer Linie direkt unter dem Aufruf fread erscheinen, wenn an der Eingabeaufforderung eingegeben.

Aber wenn von Funktionen, Chargen genannt und knitr dies unerwünscht ist. Dies wurde jetzt entfernt. Von NEWS für v1.8.9 (rev 851):

• % Fortschritt Konsole Meter entfernt worden ist. Die Ausgabe war im Batch-Modus, Protokolldateien und Berichten, die \r nicht behandeln, unbequem. Es war zu schwer zu erkennen, wo fread aus aufgerufen wird, plus, das Entfernen es bis fread ein wenig beschleunigt durch for-Schleife Code innerhalb der C Speicher (weshalb es nicht optional gemacht wurde statt). Verwenden Sie den Systemmonitor Ihres Betriebssystems, um zu bestätigen, dass fread läuft. Dank Baptiste für die Hervorhebung:
  Strange output from fread when called from knitr

einfach eine kurze Erinnerung auf Vollständigkeit. Von der Spitze der ?fread:

Diese Funktion ist noch in der Entwicklung. Zum Beispiel werden Daten als Zeichen gelesen (sie können danach umgewandelt werden unter Verwendung der ausgezeichneten fasttime Paket oder Standard-Basisfunktionen) und eingebettete Anführungszeichen („\““ und‚‘‚‘) haben Probleme. Es gibt auch andere bekannte Probleme, die nicht behoben und Funktionen noch nicht implementiert. Aber, können Sie es finden in vielen Fällen funktioniert. Bitte Probleme Datatable-Hilfe melden oder Überlauf des data.table Tag Stack.

nicht für den produktiven Einsatz noch. Nicht, weil es in dem Sinne instabil ist , dass es abstürzt oder fehlerhaft ist (Ihre Prüfung wird zeigen, ob esiststabil in Ihren Fällen oder nicht), sondern weil fredes Argumente und Verhalten in Zukunft wahrscheinlich ändern wird; das heißt, wir erwarten (hoffentlich geringe) nicht rückwärtskompatible Änderungen. Warum wurde dann zu CRAN freigegeben? Weil eine Wartungsfreigabe von CRAN Maintainers aufgefordert wurde, neue strengere Tests in R-devel zu erfüllen, und eine einige Bioconductor-Pakete von data.table abhängen und benötigt Bioconductor Pakete, um R-devel-Prüfungen zu bestehen.Es war schneller zu gehen faded in und schreibe diese Absätze, dann fade heraus.

Answer 2

Es ist kein Problem zu berichten.

Wie Matthew Dowle erwähnt, ist dies ein Fortschritt Zähler von fread

Sie results = 'hide' diese Ergebnisse zu vermeiden einstellen

library(knitr) 

test = "```{r, results = 'hide'} 
require(data.table) 
fread('1 2 3\n') 
```" 
knit2html(text=test, output="test.html") 
browseURL("test.html") 

Blick enthalten sind, keine Fortschrittsbalken.

---

Auf praktischer Ebene halte ich es für sinnvoll wäre results = 'hide' oder sogar include = FALSE für einen Schritt wie diese zu haben.

Sie nicht diese Art von Lektüre in Schritt wiederholen möchten, praktisch, Sie immer nur wollen einmal die Daten lesen, dann würden Sie es serialisiert (save verwenden, saveRDS oder ähnliches), so dass Sie das nächste verwenden könnte Zeit (die wäre schneller).

---

bearbeiten im Lichte des Kommentars

Ich würde die Verarbeitung aufgeteilt in mehr kleineren Stücken. Sie könnten dann nicht das Lesen in Klumpen enthalten, aber enthalten eine Dummy-Version, die nicht ausgewertet wird (so Sie den Code sehen können, aber nicht die Ergebnisse enthalten)

```{r libraries} 
require(data.table) 
``` 

```{r loaddata, include = FALSE} 
DT <- fread('yourfile') 
``` 

```{r loaddummy, ref.label = 'loaddata', eval = FALSE, echo = TRUE} 
``` 

```{r dostuff} 
# doing other stuff 
``` 

Answer 3

Es gibt einen Parameter showProgress in fread genannt ist, wenn Sie setzen es auf FALSE, dann sehen Sie nicht die Fortschrittsausgabe. (Es ist nützlich, um r Abschrift zu machen.)