Gestapeltes Balkendiagramm in R

Question

erstellen Ich verlagere von Excel zu R, um bessere Plots zu erstellen, und arbeite an der Erstellung eines gestapelten Balkendiagramms in R mit den drei Spalten Percent.Exonic, Percent.Intronic und Percent.Intergenic in einem Stack für jeden der Proben. Die Werte dieses Stapeldiagramms addieren sich zu 100. Nach diesen drei Spalten befinden sich mehrere Spalten in meinem Dataset.

Ich habe große Datenmenge, die wie folgt aussieht (ich es aus einer Textdatei in eine Tabelle lesen) -

Sample_ID Gene_ID Percent.Mapped.Reads Percent.Exonic Percent.Intronic Percent.Intergenic Col7 Col8 Col9 Col10 
AAl 79.46 ABC 85 10 5 . . . 
AA2 83.39 X82 96 2 2 . . . 
AAL3  AB9292 91.89 90 5 5 . . . 
AAL5 uw20 89.34 90 0 10 
PBS1 wiw0 82.4 88 2 12 
PBS3 vh27 81.88 100 0 0 
Imr90_Rep2_54 eg282 92.29 100 0 0 
Imr90_Rep2_72 yrt363 90.62 100 0 0 

[! [Image description hier] [1] eingeben] [1] kann jemand bitte teilen Sie mit, wie man dieses Diagramm mit allen Proben darin erhält?

Ich habe diesen Code bisher, aber ich bin verwirrt, wie einige vorherige Beiträge zu diesem Thema as.matrix auch verwenden? -

alignment <- read.table("Alignment.txt") 
barplot(alignment, 
    names.arg = alignment, 
    cex.names = 0.7, 
    col = sequential, 
    xlab = "Samples", 
    ylab = "Percent mapped", 
    xlim = c(0,20), 
    width = 1)) 

Danke!

Answer 1

Ich habe es auf einem der bisherigen Beiträge basierend auf der Arbeit -

Data <- subset(Input, select=c(1,7,8,9)) # Row required columns 
    data_m <- melt(Data) 

    ggplot(dat_m, aes(data_m$Sample_ID, value, fill = variable)) + 
     geom_bar(stat = "identity") + 
     xlab("Chr") + 
     ylab("Number of SNPs")+ theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, hjust = 0) 

    }) 

Hier wird der ursprüngliche Beitrag ist - how can I make stacked barplot with ggplot2