Padel-Descriptor auf der Kommandozeile

Question

ich Schwierigkeiten haben, in Befehlszeile

java -jar -Xmx20G ~/PaDEL-Descriptor/PaDEL-Descriptor.jar 
-removesalt -standardizenitro -standardizetautomers 
-fingerprints *name fo fingferprint* 
-dir ~/series_of_ligand.smi 
-file ~/CHEMBL206_IC50_all-Descriptors/RESULT_*name fo fingferprint*.csv 

Name fo fingferprint ist wählen Fingerabdruck-Typ (eigentlich muss ich alle 12 Fingerabdrücke bekommen)

mein Problem ist, was auch immer Ich wähle Differenz-Fingerabdruck, das Ergebnis immer als Pubchem.

Wie kann ich alle Fingerabdruck-Typ von der Kommandozeile aus?

Answer 1

PaDEL-Deskriptor jar liest die Datei Descriptors.xml, um die Deskriptoren und Fingerabdrücke zu berechnen, und standardmäßig ist nur für PubchemFingerprinter der Wert wahr. So müssen Sie

(<Group name="Fingerprint"> 
     <Descriptor name="Fingerprinter" value="false"/> 
     <Descriptor name="ExtendedFingerprinter" value="false"/> 
     <Descriptor name="EStateFingerprinter" value="false"/> 
     <Descriptor name="GraphOnlyFingerprinter" value="false"/> 
     <Descriptor name="MACCSFingerprinter" value="false"/> 
     <Descriptor name="PubchemFingerprinter" value="true"/> 
     <Descriptor name="SubstructureFingerprinter" value="false"/> 
     <Descriptor name="SubstructureFingerprintCount" value="false"/> 
     <Descriptor name="KlekotaRothFingerprinter" value="false"/> 
     <Descriptor name="KlekotaRothFingerprintCount" value="false"/> 
     <Descriptor name="AtomPairs2DFingerprinter" value="false"/> 
     <Descriptor name="AtomPairs2DFingerprintCount" value="false"/> 
    </Group>) 

value = "false" auf value = "true" in der descriptors.xml-Datei zusammen mit Padel Descriptor Zip-Datei gegeben ändern.