Plotten eines Bettdiagramms in ggplot2

Question

Ich hatte zuvor die plotBedgraph Funktion aus dem Sushi Paket verwendet, um Bettdiagramm Plots zu generieren, jedoch versuche ich derzeit, dies mit ggplot2 neu zu erstellen, da es nicht mit anderen Plot-Code, der mein Labor verwendet, kompatibel war.

Ein Dichtediagramm scheint für das Diagramm geeignet zu sein, aber als unerfahrener R-Benutzer aus Python konnte ich die richtigen Argumente nicht in die Diagrammfunktion einordnen. Wäre es möglich, das folgende Bild in ggplot zu replizieren, vielleicht als Dichtediagramm oder eine andere geeignete Diagrammfunktion?

chr13 0 41982 0.00000 
chr13 41982 41994 0.10076 
chr13 41994 42007 0.90151 
chr13 42007 42009 1.73827 
chr13 42009 42025 1.74104 
chr13 42025 42040 2.55356 
chr13 42040 42058 3.49472 
chr13 42058 42072 4.29485 
chr13 42072 42074 5.19204 
chr13 42074 42076 4.29485 
chr13 42076 42080 4.29924 
chr13 42080 42085 4.30696 
chr13 42085 42090 4.31473 
chr13 42090 42093 4.32252 
chr13 42093 42096 4.33021 
chr13 42096 42099 4.33801 
chr13 42099 42100 5.24009 
chr13 42100 42107 4.33801 
chr13 42107 42129 4.34580 
chr13 42129 42145 3.54015 
chr13 42145 42149 2.60059 
chr13 42149 42164 2.57264 
chr13 42164 42167 2.29211 
chr13 42167 42190 2.57264 
chr13 42190 42191 1.74104 
chr13 42191 42193 2.57264 
chr13 42193 42203 1.44231 
chr13 42203 42212 1.74104 
chr13 42212 42220 0.91309 
chr13 42220 42221 0.96337 
chr13 42221 42222 0.11592 
chr13 42222 42225 0.16794 
chr13 42225 42235 0.17174 
chr13 42235 42242 0.17557 
chr13 42242 42249 0.17939 
chr13 42249 43000 0.00000 

Answer 1

Wie wäre es damit?

ggplot(data) + geom_rect(aes(xmin=start,xmax=end,ymin=0,ymax=value))

Es zieht nur jede Ihrer Intervalle als gefülltes Rechteck, kein Gerangel erforderlich.

Answer 2

vom Sushi Paket Diese nicht vollständig die plotBedgraph reproduzieren, aber man könnte versuchen:

Die verwendeten Daten den Plot zu erzeugen ist unten dargestellt

ggplot(df, aes(x=start, y=value)) + 
    geom_step() + 
    theme_classic() 

Es fehlt die Füllung, aber sonst wird ziemlich nahe.