Wie installiere ich pylab in Ubuntu16.04?

Question

(GWAVA) wangshx@wangshx-KVM:~/GWAVA_v1.0/src$ python gwava_paper.py Traceback (most recent call last): File "gwava_paper.py", line 19, in <module> from gwava import * File "/home/wangshx/GWAVA_v1.0/src/gwava.py", line 21, in <module> import pylab as pl ImportError: No module named pylab Wie kann ich pylab Modul, suche ich es installieren und feststellen, dass es ein Teil von matplotlib ist, aber ich weiß nicht, welche Version von matplotlib soll ich installieren. Ich versuche, die neueste Version zu installieren, es erinnert mich daran, viele Modulversionen zu aktualisieren. Aber ich muss die Version der Module kontrollieren.

Wenn ich ein Python-Skripte von anderen ausgeführt, kontrollierte ich Modulversion durch Erstellen einer neuen Umgebung mit Anaconda.

Dies ist die Skriptdokumentation.

The software requires the following python libraries (and their 
associated dependencies) to be installed. The version numbers used 
are identified, other versions may also work, but results may be 
slightly different. 

- numpy (1.7.0) 
- scipy (0.11.0) 
- pandas (0.12.0) 
- scikit-learn (0.14.1) 
- pybedtools (0.6.4) 
- tabix (0.2.5) 

installiert ich alle Modul im README.

(GWAVA) wangshx@wangshx-KVM:~/GWAVA_v1.0/src$ conda list 
dateutil     2.4.1     py27_0 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free 
libgfortran    1.0       0 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free 
mkl      2017.0.1      0 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free 
nose      1.3.7     py27_1 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free 
numpy      1.7.0     py27_0 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free 
openssl     1.0.2l      0 defaults 
pandas     0.12.0    np17py27_0 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free 
pip      9.0.1     py27_1 defaults 
pybedtools    0.6.4      <pip> 
python     2.7.13      0 defaults 
python-dateutil   2.6.0     py27_0 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free 
pytz      2017.2     py27_0 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free 
readline     6.2       2 defaults 
scikit-learn    0.14.1    np17py27_1 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free 
scipy      0.11.0    np17py27_3 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free 
setuptools    27.2.0     py27_0 defaults 
six      1.10.0     py27_0 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free 
sqlite     3.13.0      0 defaults 
tabix      1.0      <pip> 
tk      8.5.18      0 defaults 
wheel      0.29.0     py27_0 defaults 
zlib      1.2.8       3 defaults 

Jede Hilfe?

Answer 1

virtualenv ist der übliche Weg, die Bibliothek Versionsproblem mit Python zu vermeiden.

Aus der Dokumentation:

virtualenv ist ein Werkzeug isoliert Python-Umgebungen zu erstellen.

Das grundlegende Problem, das angesprochen wird, ist eine der Abhängigkeiten und Versionen und indirekt Berechtigungen. Stellen Sie sich vor, Sie haben eine Anwendung, die Version 1 von LibFoo benötigt, aber eine andere Anwendung benötigt Version 2. Wie können Sie beide Anwendungen verwenden? Wenn Sie alles in /usr/lib/python2.7/site-packages (oder den Standardspeicherort Ihrer Plattform) installieren, ist es leicht, in einer Situation zu landen, in der Sie versehentlich eine Anwendung aktualisieren, die nicht aktualisiert werden sollte.

Oder allgemeiner, was ist, wenn Sie eine Anwendung installieren und lassen Sie es sein wollen? Wenn eine Anwendung funktioniert, können Änderungen an ihren Bibliotheken oder den Versionen dieser Bibliotheken die Anwendung beschädigen.

Answer 2

Ich benutze conda search matplotlib, um alle Version von matplotlib zu finden.

  1.2.1    np17py33_0 defaults   
         1.2.1    np16py26_1 defaults   
         1.2.1    np16py27_1 defaults   
         1.2.1    np17py26_1 defaults   
         1.2.1    np17py27_1 defaults   
         1.2.1    np17py33_1 defaults   
         1.3.0    np16py26_0 defaults   
         1.3.0    np16py27_0 defaults   
         1.3.0    np17py26_0 defaults   
         1.3.0    np17py27_0 defaults   
         1.3.0    np17py33_0 defaults   
         1.3.1    np16py26_0 defaults   
         1.3.1    np16py27_0 defaults   
         1.3.1    np17py26_0 defaults   
         1.3.1    np17py27_0 defaults   
         1.3.1    np17py33_0 defaults 

und wählen Sie eine Version (wie 1.3.0), das scheint die numpy17 zu unterstützen. Es funktioniert nach der Installation der Version 1.3.0 von matplotlib!