Wie kann ich P-Werte auf einem facettierten Balkendiagramm auf R annotieren?

Question

Ich würde gerne wissen, ob es möglich ist, p-Werte an der Spitze der Grafik und zwischen 2 bar Plots zu kommentieren. In meinem Fall habe ich mit ggplot2 einen facettierten Graphen mit 2 Bedingungen (Passage und Isolated) und in jeder Bedingung gibt es 3 Level/3 Balkengraphen (GA, CH, KO). Wenn es möglich ist, habe ich einige p-Werte aus paarweisen Vergleichen (GA gegen CH, CH gegen KO, GA gegen KO), die ich gerne in der Grafik selbst zeigen würde.

My ggplot Skript ist unten:

#plot 
dev.new() 
accentrating_comb <- ggplot(ch_ko_am_comb, aes(x=speaker_type, y=Mean, fill=speaker_type)) + 
    geom_bar(position=position_dodge(width=1), stat="identity", colour="black", size=.5) + 
    geom_errorbar(aes(ymin=cllo, ymax=clup), colour="black", size=.3, width=.2, position=position_dodge(width=1)) + 
    geom_text(aes(label=lable), colour="black", vjust=-0.5, size=10, hjust=-2) + 
    coord_cartesian(ylim=c(0,10)) + 
    ylab("Mean Accent Rating") + 
    scale_fill_brewer(type = "div", palette = "Greys") + 
    guides(fill=guide_legend("Accent")) + 
    theme_bw() + 
    theme(plot.title = element_text(size = 22), axis.title.x = element_blank(), axis.title.y = element_text(size = 14), axis.line = element_line(colour = "black"), panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank(), strip.text.x = element_text(size = 14), axis.text.x = element_text(size=14), legend.title=element_text(size=14), legend.text=element_text(size=14), panel.margin.x=unit(20,"pt")) + 
    facet_wrap(~ condition) #this creates multiple panels 
print(accentrating_comb) 
#dev.off() 

Answer 1

Um einen Plot ähnlich zu verkaufen (zwei Facetten, 3-Variablen in jedem) herzustellen, habe ich erstellt ein Dummy-Datensatz die iris und ToothGrowth Datensätze unter Verwendung .

Diese Lösung verwendet das Paket ggsignif, um die Plotfacetten mit p-Werten zu kommentieren, und zeigt an, wie das Präfix p= zu den Anmerkungen hinzugefügt werden kann, falls gewünscht.

library(ggplot2) 
library(ggsignif) 

data("ToothGrowth") 
data('iris') 

iris2<-iris[c(1:10,50:60,100:110,61:70,11:20,111:118),] 

big_data<-cbind(iris2,ToothGrowth) #dummy data 


plot<-ggplot(big_data, aes(Species, len)) + 
    geom_boxplot() + 
    geom_signif(comparisons =list(c("setosa", "virginica"),c('setosa','versicolor'),c('virginica','versicolor')), 
       step_increase = 0.1)+ 
    facet_wrap(~supp) #create initial plot 

pg<-ggplot_build(plot) #disassemble plot and obtain information 

pv<-pg$data[[2]]$annotation #seek out p values 

new<-as.factor(paste('p=',pv)) #add the desired prefix 

pg$data[[2]]$annotation<-new #swap out the original annotation 

q<-ggplot_gtable(pg) #reassemble the plot 

plot(q) #generate new plot