Übergeben Sie SQL-Funktionen in dplyr -Filterfunktion auf Datenbank

Question

Ich verwende dplyr 's automatische SQL-Backend abfrage Untertabelle aus einer Datenbanktabelle. Z.B.

my_tbl <- tbl(my_db, "my_table") 

wo my_table in der Datenbank

batch_name value 
batch_A_1  1 
batch_A_2  2 
batch_A_2  3 
batch_B_1  8 
batch_B_2  9 
... 

wie

sieht ich nur die Daten von batch_A_# will, unabhängig von der Zahl.

Wenn ich dies in SQL geschrieben haben, konnte ich

select * where batch_name like 'batch_A_%' 

verwenden, wenn ich in R Schreiben wurden diese, ich ein paar Möglichkeiten nutzen könnten diese zu bekommen: grepl(), %in% oder str_detect()

# option 1 
subtable <- my_tbl %>% select(batch_name, value) %>% 
    filter(grepl('batch_A_', batch_name, fixed = T)) 
# option 2 
subtable <- my_tbl %>% select(batch_name, value) %>% 
    filter(str_detect(batch_name, 'batch_A_')) 

All diese gibt den folgenden Postgres Fehler: HINT: No function matches the given name and argument types. You might need to add explicit type casts

Also, wie gehe ich in Funktionen SQL-Zeichenfolge oder passendes fu Funktionen, um die generierte dplyr SQL-Abfrage in die Lage zu versetzen, einen flexibleren Bereich von Funktionen in filter zu verwenden?

(FYI die %in% Funktion funktioniert, erfordert aber alle möglichen Werte Auflistung aus. Dies wäre in Ordnung mit paste kombiniert, um eine Liste zu machen, funktioniert aber nicht in einem allgemeineren regex Fall)

Answer 1

A "dplyr -nur" Lösung wäre diese

tbl(my_con, "my_table") %>% 
    filter(batch_name %like% "batch_A_%") %>% 
    collect() 

Voll reprex:

suppressPackageStartupMessages({ 
    library(dplyr) 
    library(dbplyr) 
    library(RPostgreSQL) 
}) 

my_con <- 
    dbConnect(
    PostgreSQL(), 
    user  = "my_user", 
    password = "my_password", 
    host  = "my_host", 
    dbname = "my_db" 
) 

my_table <- tribble(
    ~batch_name, ~value, 
    "batch_A_1",  1, 
    "batch_A_2",  2, 
    "batch_A_2",  3, 
    "batch_B_1",  8, 
    "batch_B_2",  9 
) 

copy_to(my_con, my_table) 

tbl(my_con, "my_table") %>% 
    filter(batch_name %like% "batch_A_%") %>% 
    collect() 
#> # A tibble: 3 x 2 
#> batch_name value 
#> *  <chr> <dbl> 
#> 1 batch_A_1  1 
#> 2 batch_A_2  2 
#> 3 batch_A_2  3 

dbDisconnect(my_con) 
#> [1] TRUE 

Dies funktioniert, weil alle Funktionen, die nicht wissen, wie man dplyr übersetzen entlang wie es ist vergangen, siehe ?dbplyr::translate\_sql.

Hat-Spitze zu @PaulRougieux für seinen letzten Kommentar here

Answer 2

dplyr Verwendung

Die Tabelle Batchname aus der Datenbank als Datenframe abrufen und für die weitere Datenanalyse verwenden.

library("dplyr") 
my_db <- src_postgres(dbname = "database-name", 
         host = "localhost", 
         port = 5432, 
         user = "username", 
         password = "password") 

df <- tbl(my_db, "my_table") 
df %>% filter(batch_name == "batch_A_1") 

Mit DBI und RPostgreSQL

den Tisch durch das Senden SQL-Abfrage

library("DBI") 
library("RPostgreSQL") 
m <- dbDriver("PostgreSQL")  
con <- dbConnect(drv = m, 
       dbname = "database-name", 
       host = "localhost", 
       port = 5432, 
       user = "username", 
       password = "password")  
df <- dbGetQuery(con, "SELECT * FROM my_table WHERE batch_name %LIKE% 'batch_A_%'") 

library("dplyr") 
df %>% filter(batch_name == "batch_A_1")