Wie eine „Liste“ auf „EUtilisSUmmary“ Klasse in R

Question

Ich versuche, eine Vielzahl unterschiedliche Begriff Suche in RISmed Paket von R konvertieren, wie weiter unten zu tun:

library(RISmed) 
library(rentrez) 
library(dplyr) 
search_topic<-c("KRAS AND MEK inhibitor","BRAF AND BRAF inhibitor") 
search_query <- lapply((search_topic),EUtilsSummary, retmax=50, 
mindate=2000, maxdate=2017) 

Suchabfrage eine Liste ist und mein Der nächste Schritt hier ist, die Pubmed-IDs zu erhalten, die durch den Suchbegriff erhalten werden. Allerdings, wenn ich es zu benutzen versuchen zu bekommen

QueryId(search_query) 

ich die

error:unable to find an inherited method for function ‘QueryId’ for signature ‘"list"’ 

erhalten mit Ich verstehe AbfrageID auf EUtilisSummary Klasse arbeiten und damit AbfrageID Funktion nicht funktioniert. Ich versuchte es

as(search_query, "EUtilisSummary", strict=TRUE, ext)

Converting aber dies fehlschlägt, und der Fehler ist:

no method or default for coercing “list” to “EUtilisSummary”.

Wie konvertiere ich dieses Listenobjekt in die EUtilisSummary-Klasse? Danke im Voraus!

Answer 1

gibt lapply eine Liste von Objekten mit der Funktion definierten Klassen genannt

library(RISmed) 
library(rentrez) 
library(dplyr) 
search_topic <- c("KRAS AND MEK inhibitor","BRAF AND BRAF inhibitor") 
search_query <- lapply((search_topic),EUtilsSummary, retmax=50, 
         mindate=2000, maxdate=2017) 

In diesem Fall search_query ist eine Liste (class(search_query) Objekte der Klasse enthält EUtilsSummary class(search_query[[1]]).

Um solche Objekte in einer Liste bearbeiten können einander lapply mit einer Funktion verwenden Sie einfach die sie als Argumente annehmen:

lapply(search_query, QueryId) 
#output: 
[[1]] 
[1] "29079711" "29067643" "28982179" "28982154" "28957417" "28938614" "28866094" "28807001" "28797845" "28783173" 
[11] "28775144" "28746882" "28619758" "28581516" "28574828" "28554329" "28551618" "28492898" "28459468" "28372922" 
[21] "28301591" "28248226" "28215705" "28178529" "28167505" "28154798" "28152546" "28062115" "28060183" "28002807" 
[31] "27997540" "27922010" "27876675" "27846317" "27834733" "27822414" "27821484" "27803104" "27793696" "27167191" 
[41] "27733477" "27699948" "27670374" "27496137" "27484466" "27469379" "27467210" "27441499" "27422710" "27399335" 

[[2]] 
[1] "29100459" "29098416" "29096034" "29094484" "29085667" "29084636" "29079332" "29074209" "29072975" "29070145" 
[11] "29066909" "29059158" "29054724" "29050517" "29050239" "29050218" "29048432" "29043205" "29040023" "29028954" 
[21] "29028788" "28994264" "28991513" "28986666" "28984520" "28984291" "28984141" "28982601" "28982154" "28981385" 
[31] "28979142" "28978720" "28976960" "28973166" "28963969" "28963614" "28961465" "28960564" "28959611" "28951457" 
[41] "28947956" "28939558" "28936920" "28931905" "28923537" "28923400" "28919996" "28918496" "28915798" "28893027"