Verschiedene Daten im oberen und unteren Bereich der Streudiagramm-Matrix

Question

Ich möchte zwei verschiedene Datensätze in einem scatterplot matrix plotten.

Ich weiß, dass ich upper.panel und lower.panel verwenden kann, um die Plotfunktion zu unterscheiden. Es gelingt mir jedoch nicht, meine Daten in ein geeignetes Format zu bringen, um dies zu nutzen.

Angenommen, ich habe zwei Gewebe ("Gehirn" und "Herz") und vier Bedingungen (1-4). Jetzt kann ich z.B. pairs(data$heart), um eine Streudiagrammmatrix für einen der Datensätze zu erhalten. Angenommen, ich habe die folgenden Daten:

conditions <- 1 : 4 
noise <- rnorm(100) 
data <- list(brain = sapply(conditions, function (x) noise + 0.1 * rnorm(100)), 
      heart = sapply(conditions, function (x) noise + 0.3 * rnorm(100))) 

Wie bekomme ich diese in ein Format, so dass pairs(data, …) Plots ein Datensatz oberhalb und unterhalb der Diagonalen, wie hier dargestellt (grün = Gehirn, violett = Herz):

Gerade

pairs(data, upper.panel = something, lower.panel = somethingElse) 

verwenden, da funktioniert nicht, dass alle Bedingungen im Vergleich zu allen Bedingungen ohne erneute plotten gard für verschiedene Gewebe - es ignoriert im Wesentlichen die Liste, und das gleiche bei der Neuordnung der Hierarchie (d. h. mit data = (A=list(brain=…, heart=…), B=list(brain=…, heart=…), …)).

Answer 1

Dies ist das beste, das ich scheinen über Geben von Argumenten zu tun in der Lage:

foo.upper <- function(x,y,ind.upper,col.upper,ind.lower,col.lower,...){ 
    points(x[ind.upper],y[ind.upper],col = col.upper,...) 
} 

foo.lower <- function(x,y,ind.lower,col.lower,ind.upper,col.upper,...){ 
    points(x[ind.lower],y[ind.lower],col = col.lower,...) 
} 

pairs(dat[,-5], 
     lower.panel = foo.lower, 
     upper.panel = foo.upper, 
     ind.upper = dat$type == 'brain', 
     ind.lower = dat$type == 'heart', 
     col.upper = 'blue', 
     col.lower = 'red') 

Beachten Sie, dass jede Platte alle Argumente benötigt. ... ist eine grausame Geliebte. Wenn Sie nur die panelspezifischen Argumente in jede Funktion einfügen, scheint es zu funktionieren, aber Sie erhalten viele und viele Warnungen von R, die versuchen, diese Argumente an normale Plotfunktionen weiterzugeben, und offensichtlich werden sie nicht existieren.

Dies war mein erster Versuch, schnell, aber es scheint hässlich:

dat <- as.data.frame(do.call(rbind,data)) 
dat$type <- rep(c('brain','heart'),each = 100) 

foo.upper <- function(x,y,...){ 
    points(x[dat$type == 'brain'],y[dat$type == 'brain'],col = 'red',...) 
} 

foo.lower <- function(x,y,...){ 
    points(x[dat$type == 'heart'],y[dat$type == 'heart'],col = 'blue',...) 
} 

pairs(dat[,-5],lower.panel = foo.lower,upper.panel = foo.upper) 

ich eine etwas hässliche Art und Weise in dieser zweiten Version R Scoping hier zu missbrauchen. (Natürlich könnte man wahrscheinlich tut dies mehr sauber in Gittern, aber Sie wahrscheinlich, dass wussten.)

Die einzige andere Option, die ich denken kann, ist Ihre eigene Streudiagramm-Matrix layout mit zu entwerfen, aber das ist wahrscheinlich recht ein bisschen Arbeit.

Lattice bearbeiten

Hier ist zumindest ein Anfang auf einem Gitter Lösung. Es sollte behandeln, variierende x, y-Achse reicht besser, aber ich habe das nicht getestet.

dat <- do.call(rbind,data) 
dat <- as.data.frame(dat) 
dat$grp <- rep(letters[1:2],each = 100) 

plower <- function(x,y,grp,...){ 
    panel.xyplot(x[grp == 'a'],y[grp == 'a'],col = 'red',...) 
} 

pupper <- function(x,y,grp,...){ 
    panel.xyplot(x[grp == 'b'],y[grp == 'b'],...) 
} 

splom(~dat[,1:4], 
     data = dat, 
     lower.panel = plower, 
     upper.panel = pupper, 
     grp = dat$grp)