Json API Datenextraktion

Question

Ich habe Probleme beim Ziehen von Daten von Json API. Ich versuche "Total_allele_count" zu erhalten. Ich bin in der Lage, andere Daten von der API zu ziehen, aber wenn es zu "exac" Daten kommt, funktioniert es nicht.

"alterations" : [ 
     { 
     "Gene_position" : "3164,,,", 
     "exac" : { 
      "close_matches" : [], 
      "exact_matches" : [ 
       { 
        "exac_allele" : [ 
        { 
         "West_allele_count" : 0, 
         "Total_allele_count" : "52413,1", 
         "Male_allele_count" : "11142,0" 

Hier ist, wo es versagt. Bin ich über etwas schauen?

row = alter(data, 'exac', 'Total_allele_count', row) 

meine Methode

def alter(source, org, allele, fileRow): 
    try: 
     toAppend = [int(x) for x in source['alterations'][0][org]['exact_matches'][0][allele].split('/')] 
     #fileRow.append(str(len(toAppend))) 
     fileRow.append(toAppend[1]/sum(toAppend)) 
    except: 
     fileRow.append('N/A') 
    return fileRow  

Answer 1

Der Trick besteht darin, eine Nachschlagefunktion zu schreiben, die Fehlerberichte erstellt, so dass Sie wissen, dass Sie kein Level verpasst haben. Etwas wie:

def lookup(json, *path): 
    if not path: 
     return json 

    first = path[0] 
    rest = path[1:] 

    try: 
     sub_json = json[first] 
    except (TypeError, LookupError) as e: 
     raise ValueError("Failed to look up %r in %s" % (first, json)) 
    return lookup(sub_json, *rest) 

dann können Sie implementieren Ihre alter als:

def alter(source, org, allele, fileRow): 
    value = lookup(source, 'alterations', 0, org, 'exact_matches', 0, allele) 
    try: 
     toAppend = value.split('/') 
     fileRow.append(toAppend[1]/sum(toAppend)) 
    except: 
     fileRow.append('N/A') 
    return fileRow  

mit dem oben, und schließen Sie Ihre Daten:

data = { "alterations" : [ 
     { 
     "Gene_position" : "3164,,,", 
     "exac" : { 
      "close_matches" : [], 
      "exact_matches" : [ 
       { 
        "exac_allele" : [ 
        { 
         "West_allele_count" : 0, 
         "Total_allele_count" : "52413,1", 
         "Male_allele_count" : "11142,0" 
         }]}]}}]} 

können wir alter nennen:

alter(data, 'exac', 'Total_allele_count', '') 

und erhält die folgenden Zurückverfolgungs:

Traceback (most recent call last): 
    File "<stdin>", line 35, in <module> 
    File "<stdin>", line 32, in alter 
    File "<stdin>", line 27, in lookup 
    File "<stdin>", line 27, in lookup 
    File "<stdin>", line 27, in lookup 
    File "<stdin>", line 27, in lookup 
    File "<stdin>", line 27, in lookup 
    File "<stdin>", line 26, in lookup 
ValueError: Failed to look up 'Total_allele_count' in {'exac_allele': [{'Total_allele_count': '52413,1', 'Male_allele_count': '11142,0', 'West_allele_count': 0}]} 

, die uns, dass

lookup(source, 'alterations', 0, org, 'exact_matches', 0, allele) 

fehlt ein Niveau, vor dem letzten erzählt, und es sollte sein:

lookup(source, 'alterations', 0, org, 'exact_matches', 0, 'exac_allele', allele) 

dass Laufen, wir erhalten folgende Ausnahme:

ValueError: Failed to look up 'Total_allele_count' in [{'Total_allele_count': '52413,1', 'Male_allele_count': '11142,0', 'West_allele_count': 0}] 

wenn Sie genau hinschauen, ist der Wert eine Liste und der Schlüssel ist eine Zeichenfolge, so dass die endgültige Lösung ist dann:

lookup(source, 'alterations', 0, org, 'exact_matches', 0, 'exac_allele', 0, allele) 

Answer 2

Wie geht um:

toAppend = [int(x) for x in source['alterations'][0][org]['exact_matches'][0]['exac_allele'][0][allele].split('/')]

(Ich vermute, dies ist nur eine gerade nach oben Fehler/Bug und nicht wirklich die json Struktur Missverständnis)

Sie sollten auch die bare außer entfernen (a s @ thebjorn elludes in einem Kommentar), weil es wahrscheinlich diesen Fehler (und wahrscheinlich andere) maskiert.