Basierend auf der Dokumentation von gbif und den Vignetten von dismo können wir * an dem Artennamen anhängen alle Varianten unter dieser Artname zu erhalten. Das folgende Beispiel aus den Vignetten lädt alle Datensätze unter Solanum acaule herunter.
acaule <- gbif("solanum", "acaule*", geo = FALSE)
Der resultierende Datenrahmen, acaule enthält 115 Variablen, die mit etwa 7000 Datensätzen. Unter diesen Variablen enthält die Spalte scientificName vollständige Namen dieser Datensätze. Wir können diese Spalte verwenden, um die Datensätze zu einer bestimmten Unterart zu identifizieren.
Zum Beispiel können wir zuerst die table Funktion verwenden, um die Nummer jedes Artnamens zu sehen.
table(acaule$scientificName)
Solanum acaule Bitter
5608
Solanum acaule subsp. acaule
1444
Solanum acaule subsp. punae (Juz.) Hawkes & Hjert.
14
Solanum acaule var. punae (Juz.) Hawkes
9
Solanum acaule var. subexinterruptum Bitter
2
Solanum schreiteri Bukasov
2
Solanum uyunense Cárdenas
2
Jetzt können wir die Datenrahmen Teilmenge der Datensätze wir basierend auf den Schlüsselwörtern in scientificName wollen zu finden. Angenommen, wir wollen Aufzeichnungen nur mit subsp. in seiner scientificName, können wir wie folgt vor:
acaule_sub <- subset(acaule, grepl("subsp.", scientificName, fixed = TRUE))
Jetzt acaule_sub ist ein Datenrahmen mit 1458 Datensätzen, die sind alle Datensätze mit einem wissenschaftlichen Namen mit zugehörigen „subsp.“.
Nicht sicher, ob das ist, was Sie brauchen, aber ich hoffe, es hilft!