R Markdown-Dateien überlappen Zahlen bei der Parallelisierung mit Makefile

Question

Ich habe ein einfaches Beispiel erstellt, das das Problem, das ich derzeit habe.

Ich habe eine R-Abschlag Datei mit dem Namen example.Rmd, den folgenden Code enthält,

```{r} 
plot(rnorm(10000)) 
``` 

und ein Makefile mit folgendem Inhalt

all : example01.html example02.html 

example01.html : example.Rmd 
    Rscript -e "library(knitr); knit2html(input='example.Rmd', output='example01.html')" 

example02.html : example.Rmd 
    Rscript -e "library(knitr); knit2html(input='example.Rmd', output='example02.html')" 

Wenn ich die Datei Makefile nacheinander ausführen

make 

gibt es kein Problem.

Wenn ich die Make-Datei in parallel

make -j 2 

die Chunks, die durch knit2html Funktion Überlappungs- und beide HTML-Dateien enthält, das gleiche Bild ausgeführt werden.

Irgendwelche Vorschläge? Ich habe nach einer Lösung gesucht, aber ich habe nichts gefunden.

Answer 1

Mit der Idee von Karl habe ich eine mögliche Lösung geschrieben.

all : example01.html example02.html 

example01.html : example.Rmd 
    mkdir -p dir_$@ 
    Rscript -e 'library(knitr); opts_knit$$set(base.dir = "dir_$@"); knit2html(input="example.Rmd", output="dir_$@/$@")' 
    mv dir_$@/$@ . 
    rm -r dir_$@ 

example02.html : example.Rmd 
    mkdir -p dir_$@ 
    Rscript -e 'library(knitr); opts_knit$$set(base.dir = "dir_$@"); knit2html(input="example.Rmd", output="dir_$@/$@")' 
    mv dir_$@/$@ . 
    rm -r dir_$@ 

Es gibt zwei Modifikationen bezüglich des ursprünglichen Codes.

1. Als Karl kommentiert, habe ich die Linie opts_knit $ Set enthalten (base.dir = "dir_example0? .html") in einer solchen Art und Weise die Figur Ordner in diesem Pfad erstellen ist.
2. Ich habe swap "und" Symbol in Rscript -en Befehl als here

parallele Ausführung

make -j 2 

funktioniert gut kommentiert.