Rmarkdown richtend Ausgabedatei in ein Verzeichnis

Question

Ich fand einen wirklich schönen Trick (link) zu einer Funktion von Knitr, wo Sie Ihre Ausgabe HTML in einem Ausgabeordner und unter einem anderen Dateinamen speichern können.

Das einzige, was Sie in den Header mit dem Hinterkopf haben, ist die folgende:

title: "analysis" 
author: "Me" 
date: "`r format(Sys.time(), '%d %B, %Y, %H:%M')`" 
knit: (function(inputFile, encoding) { 
     rmarkdown::render(inputFile, 
         encoding=encoding, 
         output_file=file.path(dirname(inputFile), out_dir, 'analysis.html')) }) 
output: 
    html_document: 
    number_sections: yes 
    toc: yes 

Diese ‚manchmal‘ auf meinem Mac funktioniert sehr gut, aber manchmal hat es Probleme bei der out_dir Variable zu finden ...

dachte ich zuerst über die Stücke zum ersten Mal ausgeführt, so dass die Variable gesetzt ... Aber das Problem nicht gelöst ...

I Sitzung auch wieder gestartet R und dies nicht geholfen hat.

Der letzte Schritt war das Schließen von R, Speichern des Arbeitsbereichs und nach dem erneuten Öffnen von R und Laden Arbeitsbereich funktioniert es wieder wie ein Charme.

ich nicht den Original-Beitrag finden konnte, wo jemand diesen Trick empfohlen ...

EXACT WORKFLOW NACHDRUCK es

offen neues Projekt, Namen in einem neuen Ordner testen
ar Abschlag erstellen Dokument
der Änderungskopf an:

--- 
title: "Untitled" 
author: "Me" 
date: "`r format(Sys.time(), '%d %B, %Y, %H:%M')`" 
knit: (function(inputFile, encoding) { 
     rmarkdown::render(inputFile, 
         encoding=encoding, 
         output_file=file.path(dirname(inputFile), out_dir, 'analysis.html')) }) 
output: 
    html_document: 
    number_sections: yes 
    toc: yes 
--- 

```{r write quant output files} 
out_dir <- 'test' 
if(!file.exists(out_dir)) { 
    dir.create(out_dir) 
} 
``` 

das Dokument als test.Rmd speichern
Klicken Sie auf den Knit-Button (html wird jetzt aus den Optionen des Buttons entfernt)
Das wird scheitern!

Schließen Sie das Projekt!
Klicken Sie auf Speichern Umgebung!

Öffnen Sie das Projekt und klicken Sie auf stricken!
Alles funktioniert.

ausführen rm (list = ls()) alles danach wieder funktioniert

Answer 1

Sie könnten versuchen, die out_dir Variable in der Funktion Einstellung knit zu machen geben:

knit: (function(inputFile, encoding) { 
     out_dir <- 'test'; 
     rmarkdown::render(inputFile, 
         encoding=encoding, 
         output_file=file.path(dirname(inputFile), out_dir, 'analysis.html')) })