neue Datei in Python 2.7

Question

Ich habe eine sehr große Textdatei, die wie unten wie folgt aussieht:

datei.txt

rs121334 6546 
    rs42323 4214 
    rs254532 5223 
    .   . 
    .   . 
    rs42323 5223  

, wo die erste Spalte eine rs-Nummer und die zweite Spalte eine Gen-Nummer. Ich möchte einen Code schreiben, der in der Datei file.txt nach bestimmten Gennummern sucht und die Zeilen schreibt, in denen diese spezifischen Gennummern in einer anderen set.txt-Datei gefunden wurden. Ich habe den folgenden Code, aber es funktioniert nicht:

dta=open("file.txt","r") 
w=open("set.txt","w") 
searchgenes=('5223','2645') 
for line in dta.readlines(): 
    line=line.split() 
    for word in searchgenes: 
     if word in line[1]: 
      w.write(line) 

Wenn ich den Code ausführen, bekomme ich typerror:

erwartet ein Zeichenpuffer-Objekt.

Jede Hilfe/Vorschläge werden geschätzt. Vielen Dank!

Answer 1

Der folgende Code sollte funktionieren:

dta=open("file.txt","r") 
w=open("set.txt","w") 
searchgenes=('5223','2645') 
for line in dta.readlines(): 
    rs_number, gene_number=line.split() 
    print(gene_number) 
    for word in searchgenes: 
     if word in gene_number: 
      w.write(line) 
dta.close() 
w.close() 

Es ist besser für die Weiterverwendung der Zeilenvariablen und die Ein- und Ausgabedateien geschlossen werden sollen, zu vermeiden.

Answer 2

Sie verwenden die Variable line, um auf zwei verschiedene Dinge zu verweisen: die Textzeile und die Liste, die sich aus der Teilung der Zeile ergibt - dies führt zu Verwirrung. Um die ursprünglichen Zeilen zu schreiben, verwenden Sie eine andere Variable für die Liste.

for line in dta: 
    words=line.split() 
    for word in searchgenes: 
     if word in words[1]: 
      w.write(line)