Extrahieren von p-Werten für feste Effekte von nlme/lme4-Ausgabe

Ich versuche, einzelne Elemente (p-Werte speziell) aus der Tabelle mit festen Effekten zu extrahieren, die in dem Objekt enthalten ist, das durch den Zusammenfassungsaufruf eines gemischten Effektmodells erstellt wurde.Extrahieren von p-Werten für feste Effekte von nlme/lme4-Ausgabe

Toy Daten:

set.seed(1234) 
score <- c(rnorm(8, 20, 3), rnorm(8, 35, 5)) 
rep <- rep(c(0,1,2,3), each = 8) 
group <- rep(0:1, times = 16) 
id <- factor(rep(1:8, times = 4)) 

df <- data.frame(id, group, rep, score)

nun ein Modell erstellen

require(nlme) 

modelLME <- summary(lme(score ~ group*rep, data = df, random = ~ rep|id)) 

modelLME

Wenn wir es nennen bekommen wir die Ausgabe

Linear mixed-effects model fit by REML 
Data: df 
     AIC  BIC logLik 
    219.6569 230.3146 -101.8285 

Random effects: 
Formula: ~rep | id 
Structure: General positive-definite, Log-Cholesky parametrization 
      StdDev  Corr 
(Intercept) 2.664083e-04 (Intr) 
rep   2.484345e-05 0  
Residual 7.476621e+00  

Fixed effects: score ~ group * rep 
       Value Std.Error DF t-value p-value 
(Intercept) 22.624455 3.127695 22 7.233587 0.0000 
group  -1.373324 4.423229 6 -0.310480 0.7667 
rep   2.825635 1.671823 22 1.690152 0.1051 
group:rep 0.007129 2.364315 22 0.003015 0.9976 
Correlation: 
      (Intr) group rep 
group  -0.707    
rep  -0.802 0.567  
group:rep 0.567 -0.802 -0.707 

Standardized Within-Group Residuals: 
     Min   Q1   Med   Q3   Max 
-1.86631781 -0.74498367 0.03515508 0.76672652 1.91896578 

Number of Observations: 32 
Number of Groups: 8

Jetzt kann ich die Parameterschätzungen für den festen extrahieren Effekte über

fixef(modelLME)

aber wie extrahiere ich die p-Werte?

die gesamte Zufallseffekte Tabelle extrahieren wir über die subsetting Funktion [,]

VarCorr(modelLME)

und extrahieren einzelne Elemente innerhalb dieser Tabelle bezeichnen würde. Aber ich weiß nicht, was die äquivalente Funktion zu VarCorr() für die festen Effekte ist.

Quelle

2016-06-10 llewmills

Sie können die p-Werte mit extrahieren:

modelLME$tTable[,5] 

    (Intercept)   group    rep  group:rep 
0.0000003012047 0.7666983225269 0.1051210824864 0.9976213300628

Im Allgemeinen helfen bei str(modelLME) suchen, um die verschiedenen Komponenten zu finden.

Quelle

2016-06-10 08:00:49 beetroot

Danke @beetroot. Ich habe 'Namen (ModelLME)' ausgeführt, aber es war nicht sofort klar, dass 'tTable' die Fixed-Effects-Tabelle war. Auch die Tabelle der zufälligen Effekte, die man mit 'VarCorr' aufruft, ist in der Liste der von dieser Funktion aufgerufenen Elemente nicht aufgeführt, so dass ich mir nicht sicher war, ob die fixierten Effekte auch dies sind. Aber sie sind. Prost. – llewmills

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