Warum gibt Python einen Fehler, der besagt, dass es sich um einen Ordner handelt, wenn es sich um eine Datei handelt?

Question

Ich arbeite an einem Programm und eine der Funktionen besteht darin, eine Fasta-Datei nach ID zu sortieren. Die Funktion wird wie folgt beschrieben:

def sorting_files(output,my_fasta_file, sample_name): 
    #to sort the fasta file that contain all the genes 
    my_file=open(my_fasta_file) 
    input_handle=(my_file,'rU') 
    fasta_file=SeqIO.parse(input_handle, 'fasta') 
    sorted_fasta_file=(record for record in sorted(fasta_file, key=lambda x : x.id)) 
    sorted_file=SeqIO.write(sorted_fasta_file, output + 'sorted_' + sample_name +'.fa', 'fasta') 
    return sorted_file 

Dann nenne ich die Funktion von der Haupt als:

 #to sort the fasta file 
    def main():  
     folders=sorted(glob.glob(opts.input_file +'/*_velvet'))   
     for folder in folders: 
      my_fasta_file=glob.glob(folder +'/H*.fa') 
      print my_fasta_file 
      #sys.exit() 
      sorted_file=sorting_files(my_fasta_file,output,sample_name) 
      print 'The fasta file has been sorted, hoooray!' 
    main() 

When it prints my_fasta_file it prints: 

['/home/path_to_file/velvet_file/sample_name_velvet/sample_name.fa'] 

Aber ich erhalte die folgende Fehlermeldung:

File "model.py", line 82, in sorting_files 
    my_file=open(my_fasta_file) 
IOError: [Errno 21] Is a directory: '/home/path_to_files/velvet_file/sample-name_velvet/' 

Ich verstehe nicht, aus, wo der Fehler ist. Jede Hilfe wird sehr geschätzt. Danke,

Answer 1

Ich denke, dass Fehler in Ihrem Code mit der Reihenfolge Ihrer Argumente kommt.

def sorting_files(output,my_fasta_file, sample_name): 
    ... 
sorted_file=sorting_files(my_fasta_file,output,sample_name) 

Sie setzen output wo my_fasta_file sollte und vicersa gehen. Ich weiß nicht, was output ist in Ihrem Code, aber meine Vermutung ist, dass es das Verzeichnis ist '/home/path_to_files/velvet_file/sample-name_velvet/'