Schleife zum Warten auf Ergebnis oder Timeout in r

Question

Ich habe ein sehr schnelles Blast-Skript in r geschrieben, um die Anbindung an die NCBI-Blast-API zu ermöglichen. Manchmal dauert es jedoch einige Zeit, bis die Ergebnis-URL geladen wird, und mein Skript gibt einen Fehler aus, bis die URL bereit ist. Gibt es einen eleganten Weg (d. H. Eine tryCatch-Option), um den Fehler zu behandeln, bis das Ergebnis zurückgegeben wird oder nach einer bestimmten Zeit abgelaufen ist?

library(rvest) 
    ## Definitive set of blast API instructions can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/staff/tao/URLAPI/new/BLAST_URLAPI.html 
    ## Generate query URL 
    query_url <- 
    function(QUERY, 
      PROGRAM = "blastp", 
      DATABASE = "nr", 
      ...) { 
     put_url_stem <- 
     'https://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi?CMD=Put' 
     arguments = list(...) 
     paste0(
     put_url_stem, 
     "&QUERY=", 
     QUERY, 
     "&PROGRAM=", 
     PROGRAM, 
     "&DATABASE=", 
     DATABASE, 
     arguments 
    ) 
    } 

    blast_url <- query_url(QUERY = "NP_001117.2")  ## test query 
    blast_session <- html_session(blast_url)    ## create session 
    blast_form <- html_form(blast_session)[[1]]   ## pull form from session 
    RID <- blast_form$fields$RID$value  ## extract RID identifier 

    get_url <- function(RID, ...) { 
    get_url_stem <- 
     "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi?CMD=Get" 
    arguments = list(...) 
    paste0(get_url_stem, "&RID=", RID, "&FORMAT_TYPE=XML", arguments) 
    } 
    hits_xml <- read_xml(get_url(RID)) ## this is the sticky part 

Manchmal dauert es mehrere Minuten, bis die get_url leben so zu gehen, was Ich mag würde, ist zu tun, zu halten versuchen, die alle 20-30 Sekunden sagen lassen, bis sie entweder die URL oder wird nach einem prä- produziert angegebene Zeit.

Answer 1

ich glaube, Sie this answer about the use of tryCatch useful

In Bezug auf die ‚immer wieder versuchen, bis Timeout‘ Teil finden. Ich stelle mir vor, Sie können auf this other answer about a tryCatch loop on error

arbeiten Hoffe es hilft.