Ich bin ein Anfänger. wie einen Code auf alle Dateien anwenden und neuen txt speichern?

Question

Ich habe diesen Code zum Glätten eines Spektrums!

list_tot <- list.files(path = ".", pattern="*.txt") 
num <- as.integer(length(list_tot)) 


library(data.table) 
DT_final_tot <- fread(file = list_tot[1]) 
setnames(DT_final_tot, c("Raman shift (cm-1)", list_tot[1])) 

x <-DT_final_tot[[1]] 
y <-DT_final_tot[[2]] 

smooth_spectra <- smooth.spline(x,y, spar = NULL) 
plot(x,y, type = "l", main="raw spectra", col="green") 
lines(smooth_spectra,type = "l") 
plot(smooth_spectra,type = "l", main="smooth spectra ") 

Ich habe den Code bei der ersten Datei des Ordners angewendet! Wie kann ich es auf alle Dateien anwenden und wie kann ich die geglätteten Spektren als txt speichern? Datei?

Answer 1

library(data.table) 
list_tot <- list.files(path = ".", pattern="*.txt") 
num <- as.integer(length(list_tot)) 

for(fname in list_tot) { 
    DT_final_tot <- fread(file = fname) 
    setnames(DT_final_tot, c("Raman shift (cm-1)", fname)) 

    x <-DT_final_tot[[1]] 
    y <-DT_final_tot[[2]] 

    smooth_spectra <- smooth.spline(x,y, spar = NULL) 
    plot(x,y, type = "l", main="raw spectra", col="green") 
    lines(smooth_spectra,type = "l") 
    plot(smooth_spectra,type = "l", main="smooth spectra ") 

    dump(c("smooth_spectra"), file=paste0(tools::file_path_sans_ext(fname), "_smoothed", ".csv")) 
} 

Sie sollten die for Schleife einführen über die list_tot iterieren. Es speichert die smooth_spectra in der Datei, mit dem gleichen Namen wie die Eingabedatei, mit _smoothed Vorwahl und .csv Erweiterung.