Vertices Koordinaten in Graph-Tool

Question

Ich möchte die Koordinaten der Eckpunkte eines Graphen in Graph-Tool auf effiziente Weise angeben.

eine csv gegeben, die wie folgt aussieht:

Node,X,Y 

1,2.5,3.8 

2,3.4,2.9 

...

I Eckpunkt 1 an der Position (2.5,3.8) etc ...

plotten Diagramm-Tool möchten

Eine nicht effiziente Lösung ist gegeben in: Explicit vertex position in python graph-tool, so kann ich grundsätzlich eine for-Schleife über alle meine Koordinaten verwenden und sie in der Eigenschaft Karte 'pos' speichern. Wenn mein Graph ‚g‘ und meine csv wird mit Pandas in dem Datenrahmen gelesen ‚Koordinaten‘, kann ich:

for i in range(1,numnodes+1): 
    pos[g.vertex(i)] = (coordinates.values[i-1,1],coordinates.values[i-1,2]) 

Das Problem ist, dass meine Anzahl von Knoten, numnodes groß ist (~ 10^7) und das kann einige Zeit dauern.

Gibt es eine effizientere Möglichkeit, diese Operation durchzuführen, indem Sie die Daten direkt in die Eigenschaftskarte 'pos' eingeben?

Answer 1

ich eine Antwort auf meine Frage gefunden, eine effiziente Möglichkeit, dies zu tun ist, die zu verwenden. Funktion set_2d_array();

pos.set_2d_array(coordinates[['X','Y']].values.T) 

macht den Trick. Hier ist ".T" die Transpositionsfunktion, Teil der numpy Bibliothek.

Answer 2

Ich würde dies versuchen:

pos = coordinates[['X','Y']].values 

wenn graph-tool numpy Arrays akzeptiert, sonst:

pos = [tuple(t) for t in coordinates[['X','Y']].values]