Blast konnte keine Einheit erstellen Count-Container

Question

Ich baue eine Explosion lokalen Datenbank. Allerdings, wenn ich den blastn- Befehl ausführen bekam ich diese Fehlermeldung:

T0 "/home/coremake/release_build/build/PrepareRelease_Linux64-Centos_JSID_01_250088_130.14.22.10_9008__PrepareRelease_Linux64-Centos_1448906370/c++/compilers/unix/../../src/algo/winmask/seq_masker_istat_factory.cpp", line 170: Error: ncbi::CSeqMaskerIstatFactory::DiscoverStatType() - could not open

T0 "/home/coremake/release_build/build/PrepareRelease_Linux64-Centos_JSID_01_250088_130.14.22.10_9008__PrepareRelease_Linux64-Centos_1448906370/c++/compilers/unix/../../src/algo/winmask/seq_masker_istat_factory.cpp", line 271: Error: ncbi::CSeqMaskerIstatFactory::create() - could not create a unit counts container

ich diesen Befehl bin mit der Explosion lokale Datenbank zu erstellen:

makeblastdb -in chr23.fa -parse_seqids -dbtype nucl 

Und das ist mein Befehl für die Ausführung des blastn-:

blastn -task megablast -db HumanGenome/blastdb/chr23.fa -window_masker_taxid 9606 -query readBatch.txt -out blastOut.txt 

Jede Hilfe wäre wirklich appreciated..thanks

Answer 1

scheint, dass Sie nee d die WindowMasker Dateien zu erstellen, zuerst:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279687/

Insbesondere verlinkte Inhalte erwähnten Schritt 1:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279681/#cookbook.Create_masking_information_usin_1

Answer 2

Wenn windowmasker kein absolutes Erfordernis ist, betrachten RepeatMasker

Es gibt mehrere Installationsschritte, aber alles ist ziemlich einfach. Ich finde ihre Dokumentation besser als die Dokumentation von windowmasker, und sie behaupten, dass die Abdeckung besser abgedeckt wird.

(Meine Erfahrung ist, speziell mit der freien HMMER-/DFAM Option.)

(I zweiten Vince Bemerkungen über die Forderung nach einer Maskierungs Datenbank ... und haben Sie versucht, die gleiche blastn- ohne die windowmasker Option laufen?)