Datenframeformat für ggplot anordnen - R

Question

Ich möchte meine Daten vom Wide- in das Long-Format umformen, so dass ich mit ggplot Graphen erstellen kann. Ich habe einige Probleme, um die Daten richtig zu arragnetieren. Bisher beginne ich meinen Prozess mit einer Liste von 27 Datenrahmen (nur die ersten 10 Einsen angezeigt):

> str(NDVI_stat) 
List of 27 
$ :'data.frame': 10 obs. of 2 variables: 
    ..$ NDVI 1 mean: num [1:10] 0.1796 0.3105 0.1422 0.0937 0.1711 ... 
    ..$ NDVI 1 sd : num [1:10] 0.1117 0.05845 0.00743 0.02754 0.01506 ... 
$ :'data.frame': 10 obs. of 2 variables: 
    ..$ NDVI 2 mean: num [1:10] 0.0819 0.5954 0.1328 0.0953 0.1492 ... 
    ..$ NDVI 2 sd : num [1:10] 0.00872 0.10508 0.00863 0.01878 0.02303 ... 
$ :'data.frame': 10 obs. of 2 variables: 
    ..$ NDVI 3 mean: num [1:10] 0.0634 0.681 0.2108 0.0151 0.179 ... 
    ..$ NDVI 3 sd : num [1:10] 0.0344 0.076 0.0361 0.0638 0.0428 ... 
$ :'data.frame': 10 obs. of 2 variables: 
    ..$ NDVI 4 mean: num [1:10] 0.0971 0.6885 0.2326 0.1157 0.3219 ... 
    ..$ NDVI 4 sd : num [1:10] 0.00991 0.07509 0.02054 0.02793 0.0303 ... 
$ :'data.frame': 10 obs. of 2 variables: 
    ..$ NDVI 5 mean: num [1:10] 0.0817 0.4825 0.2754 0.1003 0.4155 ... 
    ..$ NDVI 5 sd : num [1:10] 0.00998 0.05034 0.02781 0.03248 0.04056 ... 
$ :'data.frame': 10 obs. of 2 variables: 
    ..$ NDVI 6 mean: num [1:10] 0.1119 0.7667 0.582 0.0997 0.4426 ... 
    ..$ NDVI 6 sd : num [1:10] 0.023 0.0672 0.0649 0.0331 0.0557 ... 
$ :'data.frame': 10 obs. of 2 variables: 
    ..$ NDVI 7 mean: num [1:10] 0.1997 0.6567 0.5111 0.0988 0.3307 ... 
    ..$ NDVI 7 sd : num [1:10] 0.0671 0.0756 0.0435 0.0288 0.0457 ... 
$ :'data.frame': 10 obs. of 2 variables: 
    ..$ NDVI 8 mean: num [1:10] 0.3626 0.7356 0.6304 0.0954 0.335 ... 
    ..$ NDVI 8 sd : num [1:10] 0.1454 0.0888 0.0502 0.0298 0.038 ... 
$ :'data.frame': 10 obs. of 2 variables: 
    ..$ NDVI 9 mean: num [1:10] 0.541 0.748 0.637 0.089 0.577 ... 
    ..$ NDVI 9 sd : num [1:10] 0.0968 0.0721 0.0396 0.0276 0.0656 ... 
$ :'data.frame': 10 obs. of 2 variables: 
    ..$ NDVI 10 mean: num [1:10] 0.6691 0.4377 0.6713 0.0942 0.6827 ... 
    ..$ NDVI 10 sd : num [1:10] 0.088 0.0698 0.033 0.0316 0.0688 ... 
$ :'data.frame': 10 obs. of 2 variables: 

Ich verwende rbindlist vom data.table package alles in einem einzigen dataframe

newdf<-rbindlist(NDVI_stat, use.names = TRUE, fill = TRUE)

zu fusionieren

Der Code funktioniert ordnungsgemäß, aber ich erstelle nicht die Struktur, die ich wirklich brauche. Der Ausgang ist ein dataframe mit 270 (27 daframes * 10 Zeilen in jeder) Beobachtungen und 54 Variablen (27 Datenrahmen * 2 Spalten in jedem)

image of newdf

Wie Sie im Bild sehen können newdf es ist Erstellen von 270 Zeilen, aber was ich erhalten möchte, ist 10 Zeilen (also vermeiden Sie die NA-Werte)

Irgendwelche Hilfe dazu?

Diese Frage ist ähnlich wie diese Plot dataframe with ggplot2 - R

Der Unterschied ist, dass ich die Art und Weise änderte ich meine Eingabe produziert und weiß, ich weiß nicht, wie der Datenrahmen richtig später arrangieren verwenden

NDVIdf_forplot <- gather(NDVIdf, key = statistic, value = value, -ID)

und dann mit ggplot mein Diagramm erstellen

Irgendwelche Hilfe dazu?

Answer 1

Ich denke, Sie fragen, wie die Matrizen Spalte binden. Soweit mir bekannt ist, data.table hat keine cbindlist Funktion, so dass Sie versuchen könnten: do.call("cbind", NDVI_stat) obwohl das ist nicht ganz das gleiche und wird fehlschlagen, wenn Sie nicht die gleiche Anzahl von Zeilen in jedem Datenrahmen haben.

Answer 2

Das Problem ist, dass die Variablennamen in jedem df der Liste unterschiedlich sind. Sobald das gelöst ist, ist der Rest so, wie Sie es sich vorstellen.

Ein Beispiel mit dplyr/tidyr:

df1<-data.frame(mean1=c(2,3), 
       sd1 = c(1,2)) 

df2<-data.frame(mean2=c(4,5), 
       sd2 = c(3,4)) 

listdf<-list(df1,df2) 
str(listdf) 

Gewährt

List of 2 

$ :'data.frame': 2 obs. of 2 variables: 

    ..$ mean1: num [1:2] 2 3 

    ..$ sd1 : num [1:2] 1 2 

$ :'data.frame': 2 obs. of 2 variables: 

    ..$ mean2: num [1:2] 4 5 

    ..$ sd2 : num [1:2] 3 4 

alle Datenrahmen umzubenennen und bindet es Zeile zusammen Zeile

library(tidyverse) 


listdf%>%map(function(x){x%>%rename_(mean = names(x)[1], 
            sd = names(x)[2])})%>% 
    bind_rows() 

gibt

mean sd 

    2 1 

    3 2 

    4 3 

    5 4