Schnelles Ersetzen von Werten im Dataframe in R

Question

Ich habe einen Datenrahmen von 150.000 Zeilen mit 2.000 Spalten mit Werten, einige davon sind negative. Ich ersetze diese negativen Werte durch 0, aber es ist extrem langsam (~ 60min oder mehr).

df[df < 0] = 0

wo df[,1441:1453] sieht aus wie (alle Spalten/Werte numerisch):

V1441 V1442 V1443 V1444 V1445 V1446 V1447 V1448 V1449 V1450 V1451 V1452 V1453 
1  3  1  0  4  4 -2  0  3 12  5 17 34 27 
2  0  1  0  7  0  0  0  1  0  0  0  0  0 
3  0  2  0  1  2  3  6  1  2  1 -6  3  1 
4  1  2  3  6  1  2  1 -6  3  1 -4  1  0 
5  1  2  1 -6  3  1 -4  1  0  0  1  0  0 
6  1  0  0  1  0  0  0  0  0  0  1  2  2 

Gibt es eine Möglichkeit, solche Verfahren zu beschleunigen, zum Beispiel so, wie ich es tue, ist äußerst langsam, und es gibt einen schnelleren Ansatz dafür? Danke.

Answer 1

Versuchen Sie, Ihre df zu einer Matrix zu transformieren.

df <- data.frame(a=rnorm(1000),b=rnorm(1000)) 
m <- as.matrix(df) 
m[m<0] <- 0 
df <- as.data.frame(m) 

Answer 2

Beide ursprünglicher Ansatz und die aktuelle Antwort ein Objekt die gleiche Größe wie m erstellen (oder df), wenn m<0 Schaffung (der Matrix-Ansatz ist schneller, weil es weniger internes Kopieren ist mit [<- verglichen mit [<-.data.frame

Sie können lapply und replace, dann sind Sie auf der Suche nur auf einen Vektor oder length (nrow(df)) jedes Mal und nicht so sehr das Kopieren

df <- as.data.frame(lapply(df, function(x){replace(x, x <0,0)}) 

Der obige Code sollte sehr effizient sein.

Wenn Sie data.table verwenden, dann wird der größte Teil der Speicher (und) -Zeit-Ineffizienz des data.frame-Ansatzes entfernt. Es wäre ideal für eine große Datensituation wie Ihre.

library(data.table) 
# this really shouldn't be 
DT <- lapply(df, function(x){replace(x, x <0,0)}) 
# change to data.table 
setattr(DT, 'class', c('data.table','data.frame')) 
# or 
# DT <- as.data.table(df, function(x){replace(x, x <0,0)}) 

Sie Schlüssel auf alle Spalten einstellen könnte und dann als Referenz für die wichtigsten Werte kleiner als 0