Ich habe vor kurzem hatte das gleiche Problem. Mit einer der neuen Versionen von Atom wurde eine Einstellung aktiviert, die ich nie geändert hatte, wodurch einige Dateien nicht mehr angezeigt wurden.
Die Einstellung ist ausblenden VCS Ignoriert Dateien, die in den Packages/Baumansicht Einstellungen gefunden werden kann:
Achten Sie darauf, diese Einstellung deaktiviert ist (das heißt nicht markiert). Wenn es aktiviert ist, werden keine Dateien angezeigt, die von Git ignoriert sind. Ich bemerkte eine .gitignore
Datei in Ihrem ersten Screenshot - das könnte es verursachen.
Die Einstellung eine darüber (Ignorierte Namen ausblenden) könnte auch relevant sein, aber ich bin mir nicht ganz sicher, was es tut.
Wie auch immer, die Hide VCS Ignored Files wurde aus irgendeinem Grund in einem meiner Arbeitsbereiche aktiviert, und es verursachte ein ähnliches Problem, wie Sie beschrieben. Es ist wahrscheinlich einen Versuch wert ...
Berechtigungen, möglicherweise. – usr2564301
@Jongware: nun, aber ich bin als Benutzer sehen Dateien im Finder. –