Wie extrahiert man Teile aus einem 3D-TIFF-Bild?

Question

Ich habe eine Tiff-Datei, die mehrere Graustufenbilder in einem Z-Stapel mit ImageJ angeordnet hat, um ein 3D-Bild zu erstellen. Von diesem Bild möchte ich bestimmte Objekte, d. H. Zellen, Körper oder Axone, extrahieren.

Ich bin nicht auf der Suche nach einer automatisierten Segmentierung, sondern würde den gewünschten Bereich lieber manuell auswählen. Ich konnte jedoch keine Software finden, mit der ich in 3D-TIFF-Bildern Selektionen zeichnen und die ausgewählten Bereiche exportieren kann.

Also meine Frage ist, ob es solch eine Software gibt?

Answer 1

Sie können die Suite 3D verwenden, die für die automatische Segmentierungen und Messungen in 3D perfom können, finden Sie unter:

http://imagejdocu.tudor.lu/doku.php?id=plugin:stacks:3d_ij_suite:start

Wenn Sie einen Stapel haben, können Sie auch manuell markieren und Ihre Objekte füllen zu extrahieren und Messen Sie sie mit z der Zähler für 3D-Objekte.

Eine weitere Möglichkeit, den Trainierbare Segmentation Plugin verwenden Ähnliche Bereiche in einem Stapel zu markieren, siehe:

http://imagej.net/Trainable_Weka_Segmentation