Wie grep Gen-Liste aus Excel-Datei mit mehreren Blättern

Ich habe eine Excel-Datei mit 5 Blatt, (benannt, sample_set1, sample_set2, sample_set3, sample_set4 sample_set5), alle Blätter haben die gleiche Spalte Kennung, wo erste Spalte ist GenID, insgesamt 10 Spalte und ich habe eine andere TXT-Datei mit einer Liste von 15 Genen. Ich möchte alle diese 15 Gene aus 5 Blättern Excel-Datei extrahieren, wie man das macht.Wie grep Gen-Liste aus Excel-Datei mit mehreren Blättern

Beispiel für Excel-Datei: (hier ich sheet1 bin zeigt, sample_set1)

geneID TargetID  logFC AveExpr t  P.Value adj.P.Val  B 
PPY  NA  3.851289867  8.286098382  9.248930908  1.65E-07  5.58E-05  7.719759837 
ADAM19 NA  3.63303542  6.429227788  12.7709784  2.37E-09  4.22E-06  11.7022157 
C1orf168  NA  3.356129623  8.179616947  2.452446501  0.027210207  0.119946233  -4.088177703 
PCLO NA  3.343134222  7.362014909  7.397273  2.53E-06  0.000346369  5.050920805 
ITK  NA  3.247982793  6.949399635  10.14382461  5.04E-08  2.55E-05  8.854596984 
KRT81 NA  3.106404516  7.139258174  6.07286468  2.34E-05  0.001615256  2.846868821 
CYFIP2 NA  3.028907855  8.153794727  8.448486413  5.10E-07  0.000118421  6.622009208 
C6orf114  NA  3.000587733  7.073926544  9.226456201  1.70E-07  5.61E-05  7.690036227 
GAGE2A NA  2.904535471  12.69703007  5.180909306  0.000119578  0.00439474  1.220825054 
MAGEC2 NA  2.884169434  5.93712535  12.1389375  4.70E-09  5.91E-06  11.07632071

txt-Datei ist:

geneID 
PPY 
ADAM19 
C1orf168 
PCLO 
ITK 
KRT81 
CYFIP2 
C6orf114

Quelle

2016-08-04 mona

Mögliches Duplikat von [So lesen Sie mehrere Excel-Blätter in der R-Programmierung?] (Http://stackoverflow.com/questions/6894922/how-to-read-multiple-excel-sheets-in-r-prog Ramming) –

Einverstanden, Sie können jede Excel-to-R-Bibliothek nehmen, Blatt für Blatt lesen und einen Datenrahmen mit Ihren Genen füllen, sagen wir 'rbind()' – FisherDisinformation

Dies ist nicht getestet .....

# This is a useful package 
library(readxl) 

# Define your file 
file <- "myexcelfile.xlsx" 

# Get a list of sheets 
sn <- excel_sheets(file) 

# Read a sheet from each file 
dat <- lapply(sn, read_excel, file = file) 

# Get the first column from each set 
gn <- lapply(dat, `[[`, 1) 

# Combine each components 
do.call(c, gn)

Quelle

2016-08-04 16:01:23 NJBurgo

Danke, aber ich möchte alle entsprechenden Spalte, nicht nur zuerst spalte – mona

ich habe diesen fehler: wenn verwendet dat <- lapply (sn, read_excel, file = datei); Fehler in FUN (X [[i]], ...): – mona

Wie grep Gen-Liste aus Excel-Datei mit mehreren Blättern

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