Druck dict verschachtelte Formatdatei tsv

Question

Ich habe folgendes dict:

{'A1137': {'Called': 10, 'hom_alt': 10, 'private_hom': 8}, 
'A2160': {'Called': 10, 'hom_alt': 1, 'hom_ref': 9}, 
'A2579': {'Called': 10, 'hom_alt': 1, 'hom_ref': 9}, 
'A2594': {'Called': 9, 'hom_alt': 1, 'hom_ref': 8}} 

Mein Wunsch Ausgang ist:

stats A1137 A2160 A2579 A2594 
Called 10 10 10 9 
hom_alt 10 1 1 1 
hom_ref 0 9 9 8 
private_hom 8 0 0 0 

Wie beobachtet werden kann, wenn eine Teilmenge ein 'Zähler' vermisst eine Null sollte den Platz einnehmen. Ich habe verschiedene Möglichkeiten ausprobiert, aber ich kann es nicht erreichen. Ich bin in der Lage, den Druck mit einem einfachen dict zu tun, aber nicht mit einem verschachtelten ein:

with open(res, 'w') as csvfile: 
    w = csv.writer(csvfile, delimiter='\t') 
    w.writerow(['#Global Statistics:']) 
    for key, value in d.items(): 
     w.writerow([key, value]) 
    w.writerow(['\n']) 
return res 

Answer 1

Dies ist einfacher csv.DictWriter() verwenden, in dem Sie für jede Zeile in einem Wörterbuch übergeben.

Sie könnten die Schlüssel in den Wörterbüchern automatisch erkennen, indem Sie die Vereinigung aller enthaltenen Wörterbücher erstellen (die die Schlüssel herausziehen); das sind die stats Werte in Ihrer Ausgabe:

fields = sorted(d) 
stats = sorted(set().union(*d.values())) # use d.itervalues() in Python 2 

with open(res, 'w') as csvfile: 
    w = csv.DictWriter(csvfile, delimiter='\t', fieldnames=['stats'] + fields) 
    w.writerow({'stats': '#Global Statistics:'}) 
    w.writeheader() 
    for stat in stats: 
     # produce a dictionary mapping field name to specific statistic for 
     # this row 
     row = {k: v.get(stat, 0) for k, v in d.items()} 
     row['stats'] = stat 
     w.writerow(row) 

Demo:

>>> import csv 
>>> import sys 
>>> d = {'A1137': {'Called': 10, 'hom_alt': 10, 'private_hom': 8}, 
...  'A2160': {'Called': 10, 'hom_alt': 1, 'hom_ref': 9}, 
...  'A2579': {'Called': 10, 'hom_alt': 1, 'hom_ref': 9}, 
...  'A2594': {'Called': 9, 'hom_alt': 1, 'hom_ref': 8}} 
>>> fields = sorted(d) 
>>> stats = sorted(set().union(*d.values())) 
>>> w = csv.DictWriter(sys.stdout, delimiter='\t', fieldnames=['stats'] + fields) 
>>> w.writerow({'stats': '#Global Statistics:'}) 
#Global Statistics: 
>>> w.writeheader() 
stats A1137 A2160 A2579 A2594 
>>> for stat in stats: 
...  # produce a dictionary mapping field name to specific statistic for 
...  # this row 
...  row = {k: v.get(stat, 0) for k, v in d.items()} 
...  row['stats'] = stat 
...  w.writerow(row) 
... 
Called 10  10  10  9 
hom_alt 10  1  1  1 
hom_ref 0  9  9  8 
private_hom  8  0  0  0 

Answer 2

from collections import defaultdict 

data = { 
'A1137': {'Called': 10, 'hom_alt': 10, 'private_hom': 8}, 
'A2160': {'Called': 10, 'hom_alt': 1, 'hom_ref': 9}, 
'A2579': {'Called': 10, 'hom_alt': 1, 'hom_ref': 9}, 
'A2594': {'Called': 9, 'hom_alt': 1, 'hom_ref': 8} 
} 

fields = "stats","Called","hom_alt","hom_ref","private_hom" 

newdata = list() 
for (k,v) in data.items(): 
    d = defaultdict(int) 
    d.update(v) 
    d["stats"] = k 
    newdata.append(d) 

table = [fields] 
for d in newdata: 
    table.append([d[f] for f in fields]) 

#first, a pretty print 
fmt = "{:<11}" + "{:>6}" * (len(d) - 1) 
for row in zip(*table): 
    print(fmt.format(*row)) 

tsvfmt = "\t".join(["{}"]*len(d)) 
for row in zip(*table): 
    print(tsvfmt.format(*row))