Wie verwendet man NJ-Baum-Rekonstruktion in Heatmap.2?

Question

Ich benutze heatmap.2() -Funktion von Gplots R-Paket, das ist eine wunderbare Funktion.

Diese Funktion verwendet hlcust, um einen Baum zu erstellen, um Daten neu zu ordnen. Mein Problem ist, dass hclust nicht Nachbar-Joining-Methode verwenden kann, um den Baum zu konstruieren.

Meine Frage ist, wie kann ich Nj-Algorithmus mit heatmap.2 Funktion verwenden.

Ich versuchte heatmap.2 (hclustfun = function (x) nj (x)) mit nj() ist eine Funktion von Paket Affen NJ Baum zu berechnen, aber ich habe folgendes Problem:

Error in UseMethod("as.dendrogram") : 
    pas de méthode pour 'as.dendrogram' applicable pour un objet de classe "phylo" 

Wie kann ich ein Dendogramm-Objekt von der Funktion nj() bekommen, die man heatmap.2 geben kann?

Answer 1

Große, fand ich hier eine Lösung:

http://www.polarmicrobes.org/merging-a-phylogenetic-tree-with-a-heatmap-in-r/

Es scheint

auf meine Daten zu arbeiten